Créé à la faveur du Traité de cession des établissements français en Inde, l’Institut Français de Pondichéry (IFP) est le plus grand des 26 UMIFREs, instituts de recherche en cotutelle du Ministère des Affaires Étrangères et du CNRS. L’IFP constitue, avec le CSH, l’UAR 3330 "Savoirs et Mondes Indiens".

L’Institut Français de Pondichéry a pour vocation de remplir des missions de recherche, d’expertise et de formation en Indologie (Textes classiques, Histoire et Culture Indiennes), Sciences Sociales, Écologie (Environnement et Développement Durable), et Géomatique (Observations Spatiales et Technologie de l'Information), en Inde et Asie du Sud. Il est composé de quatre départements.

- Le département d’Indologie se focalise sur les clés de l’Inde classique, celles de ses religions, de sa littérature, de ses langues (sanskrit, tamoul…) pour mieux interpréter et comprendre les fondements de l’Inde moderne.
- Le département de Sciences Sociales promeut des recherches sur les grandes questions de société et sur les relations entre les sociétés humaines et leur environnement.
- Le département d’Écologie centre ses recherches sur la biodiversité et notamment sur le fonctionnement d’écosystèmes fragiles (forêts, mangroves, …), en considérant l’homme comme un paramètre important de leur évolution.
- Le département de Géomatique (Département d'Observations Spatiales et Technologie de l'Information) aborde les vulnérabilités environnementales et les dynamiques végétales en utilisant des technologies de pointe (télédétection, lidar, SIG…).