Skip to Main content Skip to Navigation
Theses

Calcul de configurations de tiges élastiques pour la modélisation des acides nucléiques

Résumé : Dans le cadre de l’approche Biopolymer Chain Elasticity (BCE) développée au Laboratoire Jean Perrin, cette thèse s’intéresse à la modélisation des acides nucléiques par des tiges élastiques. Motivée par de nombreux travaux théoriques et expérimentaux, cette approche innovante a été validée sur plusieurs structures dites en épingle à cheveux. Le modèle multi-échelle et hiérarchique utilisé est particulièrement adapté à l'implémentation de simulations interactives. Pour en tirer le meilleur parti, deux problèmes de mécanique des tiges doivent cependant être résolus. Premièrement, il s’agit de classer l’ensemble des configurations d'équilibre des tiges élastiques, afin d’en faire des outils de description, d'analyse et de comparaison des molécules qu'elles représentent. Deuxièmement, une méthode doit être mise en place pour calculer ces configurations sous des conditions d’encastrement spécifiées. L’objectif de la thèse est de résoudre ces deux problèmes. Pour ce faire, une description complète de la statique des tiges 3D dites idéales est établie. Des configurations particulières, proches de structures d'acides nucléiques connues, sont caractérisées. Plus essentiellement, des propriétés géométriques générales sont identifiées : les tiges élastiques sont toujours inclues à l'intérieur d'un tube hélicoïdal, et s'enroulent autour de l'axe de ce tube avec trois propriétés de chiralité. Cela conduit à deux classifications des configurations d’équilibre, en fonction des chiralités puis en fonction du tube enveloppe. Enfin, une méthode de calcul de géométrie inverse est proposée et implémentée, pour imposer des conditions d'encastrement 3D aux tiges élastiques.
Document type :
Theses
Complete list of metadatas

Cited literature [185 references]  Display  Hide  Download

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02476425
Contributor : Abes Star :  Contact
Submitted on : Wednesday, February 12, 2020 - 4:32:19 PM
Last modification on : Thursday, March 12, 2020 - 12:45:11 PM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, May 13, 2020 - 6:06:43 PM

File

AMELINE_Olivier_these_2018.pdf
Version validated by the jury (STAR)

Identifiers

  • HAL Id : tel-02476425, version 1

Citation

Olivier Ameline. Calcul de configurations de tiges élastiques pour la modélisation des acides nucléiques. Physique [physics]. Sorbonne Université, 2018. Français. ⟨NNT : 2018SORUS239⟩. ⟨tel-02476425⟩

Share

Metrics

Record views

69

Files downloads

77