HAL TEI export of hal-02145961

HAL TEI export of hal-02145961 CCSD CC0 1.0 - Universal

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OPTIMIR, a novel algorithm for integrating available genome-wide genotype data into miRNA sequence alignment analysis Florian Thibord f15d880160d1b397083ff17b85ecc8ac inserm.fr 1621265 956350-1621265 https://orcid.org/0000-0003-2229-8322 Claire Perret 416171-0 Maguelonne Roux fe23ba1db41b7040107a71c433ffe152 pasteur.fr maguelonne-roux 1055752 1450020-1055752 https://orcid.org/0000-0002-3775-0003 Pierre Suchon 985522-0 Marine Germain 580245-0 Jean-François Deleuze 69fa982a86475cb55e8585e178f54224 cng.fr jean-francois-deleuze 1391484 1213387-1391484 https://orcid.org/0000-0002-5358-4463 Pierre-Emmanuel Morange 785502e2a756212c14e169e8b3da0829 ap-hm.fr 908932 580248-908932 David-Alexandre Trégouët 06f9a68adad604333b672ac1d99f6983 inserm.fr david-tregouet 1322158 679866-1322158 Sorbonne Université Gestionnaire HAL 4 b0df5888550d3ab0396b665cb2d17739 scd.upmc.fr 2019-06-03 14:49:10 2026-03-31 15:58:02 2019-06-04 09:49:41 2019-05-16 2019-06-03 contributor Sorbonne Université Gestionnaire HAL 4 b0df5888550d3ab0396b665cb2d17739 scd.upmc.fr CCSD hal-02145961 https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02145961 thibord:hal-02145961 <i>RNA</i>, 2019, 25 (6), pp.657-668. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1261/rna.069708.118">⟨10.1261/rna.069708.118⟩</a> RNA, 2019, 25 (6), pp.657-668. ⟨10.1261/rna.069708.118⟩ HAL Authorization INSERM - Institut national de la santé et de la recherche médicale CEA - Commissariat à l'énergie atomique Université Denis Diderot - Paris VII Aix Marseille Université INRA - Institut national de la recherche agronomique Centre d'Etude du Polymorphisme Humain AP-HP Institut de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition Direction de la recherche fondamentale - sciences du vivant Université Sorbonne Paris Cité Université Paris-Saclay Archive ouverte en agrobiosciences Institut de Biologie François JACOB Direction de Recherche Fondamentale Sorbonne Université Sorbonne Université 01/01/2018 Faculté de Santé de Sorbonne Université Médecine - Sorbonne Université Institut National de Recherche en Agriculture, Alimentation et Environnement Université Paris Cité CEA-UPSACLAY Sorbonne Université - Texte Intégral ANR Bordeaux Population Health Alliance Sorbonne Université IHU ICAN – Institut de Cardiométabolisme et Nutrition INRAE PACA France Génomique Centre National de Recherche en Génomique Humaine SVE6 - Maladies humaines Université de Bordeaux International No Yes OPTIMIR, a novel algorithm for integrating available genome-wide genotype data into miRNA sequence alignment analysis Florian Thibord f15d880160d1b397083ff17b85ecc8ac inserm.fr 1621265 956350-1621265 https://orcid.org/0000-0003-2229-8322 Claire Perret 416171-0 Maguelonne Roux fe23ba1db41b7040107a71c433ffe152 pasteur.fr maguelonne-roux 1055752 1450020-1055752 https://orcid.org/0000-0002-3775-0003 Pierre Suchon 985522-0 Marine Germain 580245-0 Jean-François Deleuze 69fa982a86475cb55e8585e178f54224 cng.fr jean-francois-deleuze 1391484 1213387-1391484 https://orcid.org/0000-0002-5358-4463 Pierre-Emmanuel Morange 785502e2a756212c14e169e8b3da0829 ap-hm.fr 908932 580248-908932 David-Alexandre Trégouët 06f9a68adad604333b672ac1d99f6983 inserm.fr david-tregouet 1322158 679866-1322158 18728 1355-8382 1469-9001 RNA Cold Spring Harbor Laboratory Press 25 6 657-668 2019-05-16 10.1261/rna.069708.118 30819774 English microRNA next-generation sequencing alignment genetic variations isomiRs Life Sciences [q-bio] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN] Journal articles Journal articles Journal articles

Next-generation sequencing is an increasingly popular and efficient approach to characterize the full set of microRNAs (miRNAs) present in human biosamples. MiRNAs’ detection and quantification still remain a challenge as they can undergo different posttranscriptional modifications and might harbor genetic variations (polymiRs) that may impact on the alignment step. We present a novel algorithm, OPTIMIR, that incorporates biological knowledge on miRNA editing and genome-wide genotype data available in the processed samples to improve alignment accuracy. OPTIMIR was applied to 391 human plasma samples that had been typed with genome-wide genotyping arrays. OPTIMIR was able to detect genotyping errors, suggested the existence of novel miRNAs and highlighted the allelic imbalance expression of polymiRs in heterozygous carriers. OPTIMIR is written in python, and freely available on the GENMED website (http://www.genmed.fr/index.php/fr/) and on Github (github.com/FlorianThibord/OptimiR).

201420871E Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases ICAN 2018-01-01

Faculté de Médecine - 91 boulevard de l'Hôpital 75634 Paris Cedex 13

https://recherche-cardiovasculaire-metabolique.fr/ 221333754 https://ror.org/02en5vm52 Sorbonne Université SU 2018-01-01

21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris

http://www.sorbonne-universite.fr/ 197398162 201622170H https://ror.org/00xzzba89 Bordeaux population health BPH

Université de Bordeaux - Case 11 - 146 rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex

15863621X 0000 0001 2176 4817 https://ror.org/035xkbk20 Aix Marseille Université AMU 2012-01-01

Aix-Marseille UniversitéJardins du Pharo58 Boulevard Charles Livon13284 Marseille cedex 7

http://www.univ-amu.fr/ Laboratoire d'hématologie biologique [Hôpital de la Timone - Hôpital Nord - APHM]

Hôpital de la Timone 264 Rue Saint-Pierre, 13385 Marseille

http://fr.ap-hm.fr/service/laboratoire-hematologie-biologique-hopital-timone-hopital-nord 201822670T Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research C2VN 2018-01-01 2019-12-31

Faculté de Pharmacie - Timone 27, boulevard Jean Moulin 13385 Marseille cedex 5

Centre d'Etude du Polymorphisme Humain CEPH 2019-12-31

27, rue Juliette Dodu, 75010 Paris

Centre National de Recherche en Génomique Humaine CNRGH

Evry

https://ror.org/00pg5jh14 Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) AP-HP

026388278 https://ror.org/02vjkv261 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale INSERM

101, rue de Tolbiac, 75013 Paris

http://www.inserm.fr Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] IHU ICAN

Hôpital la Pitié Salpêtrière47-83 boulevard de l’Hôpital75013 Paris 13

https://ihuican.org/ https://ror.org/02mh9a093 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]

47-83 Boulevard de l'Hôpital, 75013 Paris

http://www.aphp.fr/contenu/hopital-universitaire-pitie-salpetriere-0 175206562 https://ror.org/057qpr032 Université de Bordeaux UB

35, place Pey Berland - 33076 Bordeaux

http://www.u-bordeaux.fr/ Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)

https://ror.org/002cp4060 Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille APHM

Direction générale AP-HM80, rue Brochier13 354 Marseille Cedex 5

http://fr.ap-hm.fr/ 0000 0001 0404 1115 https://ror.org/05jrr4320 Hôpital de la Timone [CHU - APHM] TIMONE 1974-01-01

http://fr.ap-hm.fr/nos-hopitaux/hopital-de-la-timone https://ror.org/01x3gbx83 Institut National de la Recherche Agronomique INRA 1946-05-18 2019-12-31

http://www.inra.fr 027542084 0000000121514068 https://ror.org/02n7qrg46 Université Paris Diderot - Paris 7 UPD7 2019-12-31

5 rue Thomas-Mann - 75205 Paris cedex 13

http://www.univ-paris-diderot.fr IFR de Saint-Louis - Institut universitaire d'hématologie IFR105 - IUH 2000-01-01 2006-12-31

1, avenue Claude Vellefaux, Centre Hayem 1er étage, Hôpital Saint-Louis 75010 Paris

02869614X https://ror.org/049am9t04 Hopital Saint-Louis [AP-HP] AP-HP

1 Avenue Claude Vellefaux, 75010 Paris

http://hopital-saintlouis.aphp.fr https://ror.org/01rje3r53 Fondation Jean Dausset - Centre d’Études du Polymorphisme Humain CEPH

27 rue Juliette Dodu 75010 Paris

https://cephb.fr/ 188444645 201722499L Q122948322 Institut de Biologie François JACOB JACOB 2017-01-01

DRFCEAFontenay-aux-Roses

251118436 201622496M https://ror.org/01yvj5k91 Q52604525 Direction de Recherche Fondamentale (CEA) DRF (CEA) 2016-01-01

Direction de Recherche FondamentaleFundamental Research DivisionCEA Saclay91191 Gif-sur-Yvette

http://ceasciences.fr/ 026372061 0000000122998025 https://ror.org/00jjx8s55 Q868550 Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives CEA

Centre de SaclayCentre de GrenobleCentre de Cadaracheetc

http://www.cea.fr/ ANR-10-LABX-0013 GENMED Medical Genomics 2010