Enhancing rare variant interpretation in inherited arrhythmias through quantitative analysis of consortium disease cohorts and population controls - Sorbonne Université Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Genetics in Medicine Année : 2020

Enhancing rare variant interpretation in inherited arrhythmias through quantitative analysis of consortium disease cohorts and population controls

Roddy Walsh , Najim Lahrouchi , Rafik Tadros , Florence Kyndt (1) , Charlotte Glinge , Pieter Postema , Ahmad Amin , Eline Nannenberg , James Ware , Nicola Whiffin , Francesco Mazzarotto , Doris Škorić-Milosavljević , Christian Krijger , Elena Arbelo , Dominique Babuty (2) , Hector Barajas-Martinez , Britt Beckmann , Stéphane Bézieau (1) , J Martijn Bos , Jeroen Breckpot , Oscar Campuzano , Silvia Castelletti , Candan Celen , Sebastian Clauss , Anniek Corveleyn , Lia Crotti , Federica Dagradi , Carlo de Asmundis , Isabelle Denjoy (3) , Sven Dittmann , Patrick Ellinor , Cristina Gil Ortuño , Carla Giustetto , Jean-Baptiste Gourraud , Daisuke Hazeki , Minoru Horie , Taisuke Ishikawa , Hideki Itoh , Yoshiaki Kaneko , Jørgen Kanters , Hiroki Kimoto , Maria-Christina Kotta , Ingrid Krapels , Masahiko Kurabayashi , Julieta Lazarte , Antoine Leenhardt , Bart Loeys , Catarina Lundin , Takeru Makiyama , Jacques Mansourati (4) , Raphaël Martins (5) , Andrea Mazzanti , Stellan Mörner , Carlo Napolitano , Kimie Ohkubo , Michael Papadakis , Boris Rudic , Maria Sabater Molina , Frédéric Sacher , Hatice Sahin , Georgia Sarquella-Brugada , Regina Sebastiano , Sanjay Sharma , Mary Sheppard , Keiko Shimamoto , M Benjamin Shoemaker , Birgit Stallmeyer , Johannes Steinfurt , Yuji Tanaka , David Tester , Keisuke Usuda , Paul van Der Zwaag , Sonia van Dooren , Lut van Laer , Annika Winbo , Bo Winkel , Kenichiro Yamagata , Sven Zumhagen , Paul Volders , Steven Lubitz , Charles Antzelevitch , Pyotr Platonov , Katja Odening , Dan Roden , Jason Roberts , Jonathan Skinner , Jacob Tfelt-Hansen , Maarten van den Berg , Morten Olesen , Pier Lambiase , Martin Borggrefe , Kenshi Hayashi , Annika Rydberg , Tadashi Nakajima , Masao Yoshinaga , Johan Saenen , Stefan Kääb , Pedro Brugada , Tomas Robyns , Daniela Giachino , Michael Ackerman , Ramon Brugada , Josep Brugada , Juan Gimeno , Can Hasdemir , Pascale Guicheney (6) , Silvia Priori , Eric Schulze-Bahr , Naomasa Makita , Peter Schwartz , Wataru Shimizu , Takeshi Aiba , Jean-Jacques Schott (1) , Richard Redon (1) , Seiko Ohno , Vincent Probst (1) , Elijah Behr , Julien Barc (1) , Connie Bezzina
Roddy Walsh
Najim Lahrouchi
  • Fonction : Auteur
Rafik Tadros
Florence Kyndt
  • Fonction : Auteur
ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
Charlotte Glinge
  • Fonction : Auteur
Pieter Postema
  • Fonction : Auteur
Ahmad Amin
  • Fonction : Auteur
Eline Nannenberg
  • Fonction : Auteur
James Ware
  • Fonction : Auteur
Nicola Whiffin
  • Fonction : Auteur
Francesco Mazzarotto
  • Fonction : Auteur
Doris Škorić-Milosavljević
  • Fonction : Auteur
Christian Krijger
  • Fonction : Auteur
Elena Arbelo
Dominique Babuty
  • Fonction : Auteur
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours
Hector Barajas-Martinez
Britt Beckmann
  • Fonction : Auteur
Stéphane Bézieau
ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
J Martijn Bos
  • Fonction : Auteur
Jeroen Breckpot
Oscar Campuzano
Silvia Castelletti
  • Fonction : Auteur
Candan Celen
  • Fonction : Auteur
Sebastian Clauss
  • Fonction : Auteur
Anniek Corveleyn
  • Fonction : Auteur
Lia Crotti
  • Fonction : Auteur
Federica Dagradi
  • Fonction : Auteur
Carlo de Asmundis
Isabelle Denjoy
CIC - CHU Bichat
Sven Dittmann
  • Fonction : Auteur
Patrick Ellinor
Cristina Gil Ortuño
Carla Giustetto
  • Fonction : Auteur
Jean-Baptiste Gourraud
  • Fonction : Auteur
Daisuke Hazeki
  • Fonction : Auteur
Minoru Horie
  • Fonction : Auteur
Taisuke Ishikawa
  • Fonction : Auteur
Hideki Itoh
  • Fonction : Auteur
Yoshiaki Kaneko
  • Fonction : Auteur
Jørgen Kanters
  • Fonction : Auteur
Hiroki Kimoto
  • Fonction : Auteur
Maria-Christina Kotta
  • Fonction : Auteur
Ingrid Krapels
  • Fonction : Auteur
Masahiko Kurabayashi
  • Fonction : Auteur
Julieta Lazarte
  • Fonction : Auteur
Antoine Leenhardt
  • Fonction : Auteur
Bart Loeys
  • Fonction : Auteur
Catarina Lundin
  • Fonction : Auteur
Takeru Makiyama
  • Fonction : Auteur
Jacques Mansourati
Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest
Raphaël Martins
  • Fonction : Auteur
Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Ponchaillou]
Andrea Mazzanti
  • Fonction : Auteur
Stellan Mörner
  • Fonction : Auteur
Carlo Napolitano
Kimie Ohkubo
  • Fonction : Auteur
Michael Papadakis
  • Fonction : Auteur
Boris Rudic
  • Fonction : Auteur
Maria Sabater Molina
Frédéric Sacher
  • Fonction : Auteur
Hatice Sahin
  • Fonction : Auteur
Georgia Sarquella-Brugada
  • Fonction : Auteur
Regina Sebastiano
  • Fonction : Auteur
Sanjay Sharma
  • Fonction : Auteur
Mary Sheppard
  • Fonction : Auteur
Keiko Shimamoto
  • Fonction : Auteur
M Benjamin Shoemaker
  • Fonction : Auteur
Birgit Stallmeyer
  • Fonction : Auteur
Johannes Steinfurt
  • Fonction : Auteur
Yuji Tanaka
  • Fonction : Auteur
David Tester
  • Fonction : Auteur
Keisuke Usuda
  • Fonction : Auteur
Paul van Der Zwaag
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Sonia van Dooren
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Lut van Laer
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Annika Winbo
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Bo Winkel
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Kenichiro Yamagata
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Sven Zumhagen
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Paul Volders
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Steven Lubitz
Charles Antzelevitch
  • Fonction : Auteur
Pyotr Platonov
  • Fonction : Auteur
Katja Odening
Dan Roden
  • Fonction : Auteur
Jason Roberts
Jonathan Skinner
  • Fonction : Auteur
Jacob Tfelt-Hansen
  • Fonction : Auteur
Maarten van den Berg
  • Fonction : Auteur
Morten Olesen
  • Fonction : Auteur
Pier Lambiase
  • Fonction : Auteur
Martin Borggrefe
  • Fonction : Auteur
Kenshi Hayashi
  • Fonction : Auteur
Annika Rydberg
  • Fonction : Auteur
Tadashi Nakajima
  • Fonction : Auteur
Masao Yoshinaga
  • Fonction : Auteur
Johan Saenen
  • Fonction : Auteur
Stefan Kääb
  • Fonction : Auteur
Pedro Brugada
  • Fonction : Auteur
Tomas Robyns
  • Fonction : Auteur
Daniela Giachino
Michael Ackerman
  • Fonction : Auteur
Ramon Brugada
  • Fonction : Auteur
Josep Brugada
  • Fonction : Auteur
Juan Gimeno
  • Fonction : Auteur
Can Hasdemir
  • Fonction : Auteur
Pascale Guicheney
  • Fonction : Auteur
Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases
Silvia Priori
  • Fonction : Auteur
Eric Schulze-Bahr
  • Fonction : Auteur
Naomasa Makita
  • Fonction : Auteur
Peter Schwartz
Wataru Shimizu
  • Fonction : Auteur
Takeshi Aiba
  • Fonction : Auteur
Jean-Jacques Schott
ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
Richard Redon
ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
Seiko Ohno
  • Fonction : Auteur
Vincent Probst
  • Fonction : Auteur
ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
Elijah Behr
Julien Barc
ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
Connie Bezzina

Résumé

Purpose: Stringent variant interpretation guidelines can lead to high rates of variants of uncertain significance (VUS) for genetically heterogeneous disease like long QT syndrome (LQTS) and Brugada syndrome (BrS). Quantitative and disease-specific customization of American College of Medical Genetics and Genomics/Association for Molecular Pathology (ACMG/AMP) guidelines can address this false negative rate. Methods: We compared rare variant frequencies from 1847 LQTS (KCNQ1/KCNH2/SCN5A) and 3335 BrS (SCN5A) cases from the International LQTS/BrS Genetics Consortia to population-specific gnomAD data and developed disease-specific criteria for ACMG/AMP evidence classes-rarity (PM2/BS1 rules) and case enrichment of individual (PS4) and domain-specific (PM1) variants. Results: Rare SCN5A variant prevalence differed between European (20.8%) and Japanese (8.9%) BrS patients (p = 5.7 × 10-18) and diagnosis with spontaneous (28.7%) versus induced (15.8%) Brugada type 1 electrocardiogram (ECG) (p = 1.3 × 10-13). Ion channel transmembrane regions and specific N-terminus (KCNH2) and C-terminus (KCNQ1/KCNH2) domains were characterized by high enrichment of case variants and >95% probability of pathogenicity. Applying the customized rules, 17.4% of European BrS and 74.8% of European LQTS cases had (likely) pathogenic variants, compared with estimated diagnostic yields (case excess over gnomAD) of 19.2%/82.1%, reducing VUS prevalence to close to background rare variant frequency. Conclusion: Large case-control data sets enable quantitative implementation of ACMG/AMP guidelines and increased sensitivity for inherited arrhythmia genetic testing.

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Soumis le : mercredi 23 septembre 2020-15:29:37

Dernière modification le : jeudi 14 décembre 2023-13:50:38

Archivage à long terme le : jeudi 3 décembre 2020-16:12:03

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hal-02946962 , version 1 (23-09-2020)

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Citer

Roddy Walsh, Najim Lahrouchi, Rafik Tadros, Florence Kyndt, Charlotte Glinge, et al.. Enhancing rare variant interpretation in inherited arrhythmias through quantitative analysis of consortium disease cohorts and population controls. Genetics in Medicine, 2020, ⟨10.1038/s41436-020-⟩. ⟨hal-02946962⟩

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