Le programme d’une fondation des sciences fit l’objet d’un intérêt constant de la part de Husserl et a accompagné sa phénoménologie dans toutes les phases de son développement. Si les Prolégomènes à la logique pure confient la justification de la possibilité d’une théorie en général à l’idée d’une logique pure conçue comme « théorie pure des multiplicités », c’est au déploiement d’une ontologie matérielle que revient la tâche de délimiter les domaines d’objets qui sont ceux des sciences positives effectives et possibles, de même que les concepts fondamentaux en lesquels ils s’explicitent, ainsi que les principes de leur articulation. Dans la mesure où ces domaines thématiques d’objets sont conçus par Husserl comme autant de régions ontologiques, c’est en accueillant la tâche d’une ontologie régionale que la phénoménologie husserlienne, par-delà son « tournant transcendantal », a cherché à se donner les moyens de fonder non pas seulement la scientificité de ces sciences, mais aussi et surtout les grands partages qui font la diversité de leurs orientations thématiques et méthodologiques, jusqu’à fonder éventuellement chacune de ces sciences en sa singularité.