Solving patients with rare diseases through programmatic reanalysis of genome-phenome data
Anna Katharina Sommer
,
Iris Te Paske
,
Farid Yavari Dizjikan
,
Chiara Marini Bettolo
,
Ivo Glynne Gut
,
Rabah Ben Yaou
,
Radka Pourová Kremliková
,
Jose Garcia Pelaez
,
Ana Rita Matos
,
Celina São José
,
Manuel Posada de La Paz
,
Eva Bermejo Sánchez
,
Estrella López Martín
,
Beatriz Martínez Delgado
,
Francesca Clementina Radio
,
Maria Judit Molnar
,
Andres Nascimiento Osorio
,
Daniel Natera de Benito
,
Carles Hernández-Ferrer
(1)
,
Isabel Cuesta
(2)
,
Christian Gilissen
(3)
,
Shuang Li
,
Sivakumar Prasanth
,
Peter Robinson
,
Joeri K van Der Velde
,
Ana Töpf
,
Richarda M de Voer
,
Gareth Evans
,
Anna Katharina Sommer
,
Iris Te Paske
,
Marc Tischkowitz
,
Giorgio Casari
,
Andrea Ciolfi
,
Bruno Dallapiccola
,
Elke de Boer
,
Anne-Sophie Denommé-Pichon
(4, 5)
,
Anna Hammarsjö
,
Anne Hugon
,
Tjitske Kleefstra
,
Anna Lindstrand
,
Estrella López-Martín
,
Vicenzo Nigro
,
Ann Nordgren
,
Maria Pettersson
,
Michele Pinelli
,
Simone Pizzi
,
Manuel Posada
,
Lukas Ryba
,
Martin Schwarz
,
Alain Verloes
,
Lisenka E L M Vissers
,
Antonio Vitobello
(5, 4)
,
Pavel Votypka
,
Klea Vyshka
,
Michael G Hanna
,
Jarred Lau
,
William L Macken
,
Francesco Musacchia
,
Andres Nascimento
,
Daniel Natera-de Benito
,
Vincenzo Nigro
,
Giulio Piluso
,
Veronica Pini
,
Robert D S Pitceathly
,
Irina Zaharieva
,
Patrick Chinnery
,
Christoph Kamsteeg
,
Judit Molnar
,
Olaf Riess
,
Rebecca Schüle-Freyer
,
Giovanni Stevanin
,
Matthis Synofzik
,
Nienke van Os
,
Carlo Wilke
,
Raul Tonda
,
Carles Garcia-Linares
,
Ricky Joshi
,
Hector Diez
,
Alexander Hoischen
,
Tobias B Haack
,
Holm Graessner
,
Birte Zurek
,
Kornelia Ellwanger
,
Stephan Ossowski
,
German Demidov
,
Marc Sturm
,
Julia M Schulze-Hentrich
,
Rebecca Schüle
,
Christoph Kessler
,
Melanie Wayand
,
Ludger Schöls
,
Holger Hengel
,
Peter Heutink
,
Han Brunner
,
Hans Scheffer
,
Nicoline Hoogerbrugge
,
Peter a C ’t Hoen
,
Wouter Steyaert
,
Karolis Sablauskas
,
Erik-Jan Kamsteeg
,
Bart van de Warrenburg
,
Iris Te Paske
,
Erik Janssen
,
Marloes Steehouwer
,
Burcu Yaldiz
,
Anthony J Brookes
,
Colin Veal
,
Spencer Gibson
,
Marc Wadsley
,
Mehdi Mehtarizadeh
,
Umar Riaz
,
Greg Warren
,
Farid Yavari Dizjikan
,
Thomas Shorter
,
Volker Straub
,
Chiara Marini Bettolo
,
Sabine Specht
,
Jill Clayton-Smith
,
Siddharth Banka
,
Elizabeth Alexander
,
Adam Jackson
,
Laurence Faivre
(5, 4)
,
Christel Thauvin
(5, 4)
,
Yannis Duffourd
(5, 4)
,
Emilie Tisserant
,
Ange-Line Bruel
,
Christine Peyron
,
Aurore Pélissier
,
Sergi Beltran
,
Ivo Glynne Gut
,
Steven Laurie
,
Davide Piscia
(6)
,
Leslie Matalonga
(6)
,
Anastasios Papakonstantinou
,
Gemma Bullich
,
Alberto Corvó
,
Carles Garcia
,
Marcos Fernandez-Callejo
,
Carles Hernández
,
Daniel Picó
,
Ida Paramonov
,
Gulcin Gumus
,
Virginie Bros-Facer
,
Ana Rath
,
Marc Hanauer
,
Annie Olry
,
David Lagorce
,
Svitlana Havrylenko
,
Katia Izem
,
Fanny Rigour
,
Alexandra Dürr
,
Claire-Sophie Davoine
,
Léna Guillot-Noel
,
Anna Heinzmann
,
Giulia Coarelli
,
Gisèle Bonne
(7)
,
Teresinha Evangelista
(7)
,
Valérie Allamand
(7)
,
Isabelle Nelson
(7)
,
Rabah Ben Yaou
(7)
,
Corinne Metay
(7)
,
Bruno Eymard
(7)
,
Enzo Cohen
(7)
,
Antonio Atalaia
(7)
,
Tanya Stojkovic
(7)
,
Milan Macek
,
Marek Turnovec
,
Dana Thomasová
,
Radka Pourová Kremliková
,
Vera Franková
,
Marketa Havlovicova
,
Vlastimil Kremlik
,
Helen Parkinson
,
Thomas Keane
,
Dylan Spalding
,
Alexander Senf
,
Daniel Danis
,
Glenn Robert
,
Alessia Costa
,
Christine Patch
,
Mike Hanna
,
Henry Houlden
,
Mary Reilly
,
Jana Vandrovcova
,
Francesco Muntoni
,
Anna Sarkozy
,
Vincent Timmerman
,
Jonathan Baets
,
Liedewei van de Vondel
,
Danique Beijer
,
Peter de Jonghe
,
Sandro Banfi
,
Annalaura Torella
,
Alessandra Ferlini
,
Rita Selvatici
,
Rachele Rossi
,
Marcella Neri
,
Stefan Aretz
,
Isabel Spier
,
Sophia Peters
,
Carla Oliveira
,
Jose Garcia Pelaez
,
Ana Rita Matos
,
Celina São José
,
Marta Ferreira
,
Irene Gullo
,
Susana Fernandes
,
Luzia Garrido
,
Pedro Ferreira
,
Fátima Carneiro
,
Morris A Swertz
,
Lennart Johansson
,
Gerben van Der Vries
,
Pieter B Neerincx
,
Dieuwke Roelofs-Prins
,
Sebastian Köhler
,
Alison Metcalfe
,
Caroline Rooryck
,
Aurélien Trimouille
,
Raffaele Castello
,
Manuela Morleo
,
Alessandra Varavallo
,
Manuel Posada de La Paz
,
Eva Bermejo Sánchez
,
Estrella López Martín
,
Beatriz Martínez Delgado
,
F. Javier Alonso García Javier Alonso García de La Rosa
,
Francesca Clementina Radio
,
Marco Tartaglia
,
Alessandra Renieri
,
Elisa Benetti
,
Peter Balicza
,
Maria Judit Molnar
,
Ales Maver
,
Borut Peterlin
,
Alexander Münchau
,
Katja Lohmann
,
Rebecca Herzog
,
Martje Pauly
,
Alfons Macaya
,
Anna Marcé-Grau
,
Andres Nascimiento Osorio
,
Daniel Natera de Benito
,
Hanns Lochmüller
,
Rachel Thompson
,
Kiran Polavarapu
,
David Beeson
,
Judith Cossins
,
Pedro M Rodriguez Cruz
,
Peter Hackman
,
Mridul Johari
(8)
,
Marco Savarese
,
Bjarne Udd
,
Rita Horvath
,
Gabriel Capella
,
Laura Valle
,
Elke Holinski-Feder
,
Andreas Laner
,
Verena Steinke-Lange
,
Evelin Schröck
,
Andreas Rump
1
ISGlobal -
Instituto de Salud Global - Institute For Global Health [Barcelona]
2 ISCIII - Instituto de Salud Carlos III [Madrid]
3 Radboud University Medical Center [Nijmegen]
4 LNC - Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231]
5 Equipe GAD (LNC - U1231)
6 BIST - Barcelona Institute of Science and Technology
7 Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM
8 Folkhälsan Research Center
2 ISCIII - Instituto de Salud Carlos III [Madrid]
3 Radboud University Medical Center [Nijmegen]
4 LNC - Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231]
5 Equipe GAD (LNC - U1231)
6 BIST - Barcelona Institute of Science and Technology
7 Centre de recherche en Myologie – U974 SU-INSERM
8 Folkhälsan Research Center
Anna Katharina Sommer
- Fonction : Auteur
Iris Te Paske
- Fonction : Auteur
Farid Yavari Dizjikan
- Fonction : Auteur
Chiara Marini Bettolo
- Fonction : Auteur
Ivo Glynne Gut
- Fonction : Auteur
Rabah Ben Yaou
- Fonction : Auteur
Radka Pourová Kremliková
- Fonction : Auteur
Jose Garcia Pelaez
- Fonction : Auteur
Ana Rita Matos
- Fonction : Auteur
Celina São José
- Fonction : Auteur
Manuel Posada de La Paz
- Fonction : Auteur
Eva Bermejo Sánchez
- Fonction : Auteur
Estrella López Martín
- Fonction : Auteur
Beatriz Martínez Delgado
- Fonction : Auteur
Francesca Clementina Radio
- Fonction : Auteur
Maria Judit Molnar
- Fonction : Auteur
Andres Nascimiento Osorio
- Fonction : Auteur
Daniel Natera de Benito
- Fonction : Auteur
Sivakumar Prasanth
- Fonction : Auteur
Peter Robinson
- Fonction : Auteur
Joeri K van Der Velde
- Fonction : Auteur
Ana Töpf
- Fonction : Auteur
Richarda M de Voer
- Fonction : Auteur
Gareth Evans
- Fonction : Auteur
Anna Katharina Sommer
- Fonction : Auteur
Iris Te Paske
- Fonction : Auteur
Marc Tischkowitz
- Fonction : Auteur
Giorgio Casari
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766954
- ORCID : 0000-0002-0115-8980
Andrea Ciolfi
- Fonction : Auteur
Bruno Dallapiccola
- Fonction : Auteur
Elke de Boer
- Fonction : Auteur
Anna Hammarsjö
- Fonction : Auteur
Anne Hugon
- Fonction : Auteur
Tjitske Kleefstra
- Fonction : Auteur
Anna Lindstrand
- Fonction : Auteur
Estrella López-Martín
- Fonction : Auteur
Vicenzo Nigro
- Fonction : Auteur
Ann Nordgren
- Fonction : Auteur
Maria Pettersson
- Fonction : Auteur
Michele Pinelli
- Fonction : Auteur
Simone Pizzi
- Fonction : Auteur
Manuel Posada
- Fonction : Auteur
Lukas Ryba
- Fonction : Auteur
Martin Schwarz
- Fonction : Auteur
Alain Verloes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757590
- ORCID : 0000-0003-4819-0264
Lisenka E L M Vissers
- Fonction : Auteur
Pavel Votypka
- Fonction : Auteur
Klea Vyshka
- Fonction : Auteur
Michael G Hanna
- Fonction : Auteur
Jarred Lau
- Fonction : Auteur
William L Macken
- Fonction : Auteur
Francesco Musacchia
- Fonction : Auteur
Andres Nascimento
- Fonction : Auteur
Daniel Natera-de Benito
- Fonction : Auteur
Vincenzo Nigro
- Fonction : Auteur
Giulio Piluso
- Fonction : Auteur
Veronica Pini
- Fonction : Auteur
Robert D S Pitceathly
- Fonction : Auteur
Irina Zaharieva
- Fonction : Auteur
Patrick Chinnery
- Fonction : Auteur
Christoph Kamsteeg
- Fonction : Auteur
Judit Molnar
- Fonction : Auteur
Olaf Riess
- Fonction : Auteur
Rebecca Schüle-Freyer
- Fonction : Auteur
Giovanni Stevanin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758031
- ORCID : 0000-0001-9368-8657
- IdRef : 119149982
Matthis Synofzik
- Fonction : Auteur
Nienke van Os
- Fonction : Auteur
Carlo Wilke
- Fonction : Auteur
Raul Tonda
- Fonction : Auteur
Carles Garcia-Linares
- Fonction : Auteur
Ricky Joshi
- Fonction : Auteur
Hector Diez
- Fonction : Auteur
Alexander Hoischen
- Fonction : Auteur
Tobias B Haack
- Fonction : Auteur
Holm Graessner
- Fonction : Auteur
Birte Zurek
- Fonction : Auteur
Kornelia Ellwanger
- Fonction : Auteur
Stephan Ossowski
- Fonction : Auteur
German Demidov
- Fonction : Auteur
Marc Sturm
- Fonction : Auteur
Julia M Schulze-Hentrich
- Fonction : Auteur
Rebecca Schüle
- Fonction : Auteur
Christoph Kessler
- Fonction : Auteur
Melanie Wayand
- Fonction : Auteur
Ludger Schöls
- Fonction : Auteur
Holger Hengel
- Fonction : Auteur
Peter Heutink
- Fonction : Auteur
Han Brunner
- Fonction : Auteur
Hans Scheffer
- Fonction : Auteur
Nicoline Hoogerbrugge
- Fonction : Auteur
Peter a C ’t Hoen
- Fonction : Auteur
Wouter Steyaert
- Fonction : Auteur
Karolis Sablauskas
- Fonction : Auteur
Erik-Jan Kamsteeg
- Fonction : Auteur
Bart van de Warrenburg
- Fonction : Auteur
Iris Te Paske
- Fonction : Auteur
Erik Janssen
- Fonction : Auteur
Marloes Steehouwer
- Fonction : Auteur
Burcu Yaldiz
- Fonction : Auteur
Anthony J Brookes
- Fonction : Auteur
Colin Veal
- Fonction : Auteur
Spencer Gibson
- Fonction : Auteur
Marc Wadsley
- Fonction : Auteur
Mehdi Mehtarizadeh
- Fonction : Auteur
Umar Riaz
- Fonction : Auteur
Greg Warren
- Fonction : Auteur
Farid Yavari Dizjikan
- Fonction : Auteur
Thomas Shorter
- Fonction : Auteur
Volker Straub
- Fonction : Auteur
Chiara Marini Bettolo
- Fonction : Auteur
Sabine Specht
- Fonction : Auteur
Jill Clayton-Smith
- Fonction : Auteur
Siddharth Banka
- Fonction : Auteur
Elizabeth Alexander
- Fonction : Auteur
Adam Jackson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780486
- ORCID : 0000-0002-3554-6682
Laurence Faivre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757929
- ORCID : 0000-0001-9770-444X
Emilie Tisserant
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770121
- IdRef : 159351952
Ange-Line Bruel
- Fonction : Auteur
Christine Peyron
- Fonction : Auteur
Aurore Pélissier
- Fonction : Auteur
Sergi Beltran
- Fonction : Auteur
Ivo Glynne Gut
- Fonction : Auteur
Steven Laurie
- Fonction : Auteur
Anastasios Papakonstantinou
- Fonction : Auteur
Gemma Bullich
- Fonction : Auteur
Alberto Corvó
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Carles Garcia
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Marcos Fernandez-Callejo
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Carles Hernández
- Fonction : Auteur
Daniel Picó
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Ida Paramonov
- Fonction : Auteur
Gulcin Gumus
- Fonction : Auteur
Virginie Bros-Facer
- Fonction : Auteur
Ana Rath
- Fonction : Auteur
Marc Hanauer
- Fonction : Auteur
Annie Olry
- Fonction : Auteur
David Lagorce
- Fonction : Auteur
Svitlana Havrylenko
- Fonction : Auteur
Katia Izem
- Fonction : Auteur
Fanny Rigour
- Fonction : Auteur
Alexandra Dürr
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758970
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- IdRef : 148675018
Claire-Sophie Davoine
- Fonction : Auteur
Léna Guillot-Noel
- Fonction : Auteur
Anna Heinzmann
- Fonction : Auteur
Giulia Coarelli
- Fonction : Auteur
Gisèle Bonne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183818
- IdHAL : gisele-bonne
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- IdRef : 075894920
Valérie Allamand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1178516
- IdHAL : valerie-allamand
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Isabelle Nelson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1094598
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Rabah Ben Yaou
- Fonction : Auteur
- PersonId : 930670
- IdHAL : rabah-ben-yaou
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Corinne Metay
- Fonction : Auteur
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Bruno Eymard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757793
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Antonio Atalaia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1183096
- IdHAL : antonio-atalaia
- ORCID : 0000-0002-9345-0953
Milan Macek
- Fonction : Auteur
Marek Turnovec
- Fonction : Auteur
Dana Thomasová
- Fonction : Auteur
Radka Pourová Kremliková
- Fonction : Auteur
Vera Franková
- Fonction : Auteur
Marketa Havlovicova
- Fonction : Auteur
Vlastimil Kremlik
- Fonction : Auteur
Helen Parkinson
- Fonction : Auteur
Thomas Keane
- Fonction : Auteur
Dylan Spalding
- Fonction : Auteur
Alexander Senf
- Fonction : Auteur
Daniel Danis
- Fonction : Auteur
Glenn Robert
- Fonction : Auteur
Alessia Costa
- Fonction : Auteur
Christine Patch
- Fonction : Auteur
Mike Hanna
- Fonction : Auteur
Henry Houlden
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763785
- ORCID : 0000-0002-2866-7777
Mary Reilly
- Fonction : Auteur
Jana Vandrovcova
- Fonction : Auteur
Francesco Muntoni
- Fonction : Auteur
- PersonId : 759030
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- IdRef : 077207912
Anna Sarkozy
- Fonction : Auteur
Vincent Timmerman
- Fonction : Auteur
Jonathan Baets
- Fonction : Auteur
Liedewei van de Vondel
- Fonction : Auteur
Danique Beijer
- Fonction : Auteur
Peter de Jonghe
- Fonction : Auteur
Sandro Banfi
- Fonction : Auteur
Annalaura Torella
- Fonction : Auteur
- PersonId : 781047
- ORCID : 0000-0003-2479-6018
Alessandra Ferlini
- Fonction : Auteur
Rita Selvatici
- Fonction : Auteur
Rachele Rossi
- Fonction : Auteur
Marcella Neri
- Fonction : Auteur
Stefan Aretz
- Fonction : Auteur
Isabel Spier
- Fonction : Auteur
Sophia Peters
- Fonction : Auteur
Carla Oliveira
- Fonction : Auteur
Jose Garcia Pelaez
- Fonction : Auteur
Ana Rita Matos
- Fonction : Auteur
Celina São José
- Fonction : Auteur
Marta Ferreira
- Fonction : Auteur
Irene Gullo
- Fonction : Auteur
Susana Fernandes
- Fonction : Auteur
Luzia Garrido
- Fonction : Auteur
Pedro Ferreira
- Fonction : Auteur
Fátima Carneiro
- Fonction : Auteur
Morris A Swertz
- Fonction : Auteur
Lennart Johansson
- Fonction : Auteur
Gerben van Der Vries
- Fonction : Auteur
Pieter B Neerincx
- Fonction : Auteur
Dieuwke Roelofs-Prins
- Fonction : Auteur
Sebastian Köhler
- Fonction : Auteur
Alison Metcalfe
- Fonction : Auteur
Caroline Rooryck
- Fonction : Auteur
Aurélien Trimouille
- Fonction : Auteur
Raffaele Castello
- Fonction : Auteur
Manuela Morleo
- Fonction : Auteur
Alessandra Varavallo
- Fonction : Auteur
Manuel Posada de La Paz
- Fonction : Auteur
Eva Bermejo Sánchez
- Fonction : Auteur
Estrella López Martín
- Fonction : Auteur
Beatriz Martínez Delgado
- Fonction : Auteur
F. Javier Alonso García Javier Alonso García de La Rosa
- Fonction : Auteur
Francesca Clementina Radio
- Fonction : Auteur
Marco Tartaglia
- Fonction : Auteur
Alessandra Renieri
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764776
- ORCID : 0000-0002-0846-9220
Elisa Benetti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 804493
- ORCID : 0000-0002-0819-604X
Peter Balicza
- Fonction : Auteur
Maria Judit Molnar
- Fonction : Auteur
Ales Maver
- Fonction : Auteur
Borut Peterlin
- Fonction : Auteur
Alexander Münchau
- Fonction : Auteur
Katja Lohmann
- Fonction : Auteur
Rebecca Herzog
- Fonction : Auteur
Martje Pauly
- Fonction : Auteur
Alfons Macaya
- Fonction : Auteur
Anna Marcé-Grau
- Fonction : Auteur
Andres Nascimiento Osorio
- Fonction : Auteur
Daniel Natera de Benito
- Fonction : Auteur
Hanns Lochmüller
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758925
- ORCID : 0000-0003-2324-8001
Rachel Thompson
- Fonction : Auteur
Kiran Polavarapu
- Fonction : Auteur
David Beeson
- Fonction : Auteur
Judith Cossins
- Fonction : Auteur
Pedro M Rodriguez Cruz
- Fonction : Auteur
Peter Hackman
- Fonction : Auteur
Marco Savarese
- Fonction : Auteur
Bjarne Udd
- Fonction : Auteur
Rita Horvath
- Fonction : Auteur
- PersonId : 762968
- ORCID : 0000-0002-9841-170X
- IdRef : 185344623
Gabriel Capella
- Fonction : Auteur
Laura Valle
- Fonction : Auteur
Elke Holinski-Feder
- Fonction : Auteur
Andreas Laner
- Fonction : Auteur
Verena Steinke-Lange
- Fonction : Auteur
Evelin Schröck
- Fonction : Auteur
Andreas Rump
- Fonction : Auteur
Résumé
Reanalysis of inconclusive exome/genome sequencing data increases the diagnosis yield of patients with rare diseases. However, the cost and efforts required for reanalysis prevent its routine implementation in research and clinical environments. The Solve-RD project aims to reveal the molecular causes underlying undiagnosed rare diseases. One of the goals is to implement innovative approaches to reanalyse the exomes and genomes from thousands of well-studied undiagnosed cases. The raw genomic data is submitted to Solve-RD through the RD-Connect Genome-Phenome Analysis Platform (GPAP) together with standardised phenotypic and pedigree data. We have developed a programmatic workflow to reanalyse genome-phenome data. It uses the RD-Connect GPAP's Application Programming Interface (API) and relies on the big-data technologies upon which the system is built. We have applied the workflow to prioritise rare known pathogenic variants from 4411 undiagnosed cases. The queries returned an average of 1.45 variants per case, which first were evaluated in bulk by a panel of disease experts and afterwards specifically by the submitter of each case. A total of 120 index cases (21.2% of prioritised cases, 2.7% of all exome/genome-negative samples) have already been solved, with others being under investigation. The implementation of solutions as the one described here provide the technical framework to enable periodic case-level data re-evaluation in clinical settings, as recommended by the American College of Medical Genetics.
Origine | Publication financée par une institution |
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