HAL TEI export of hal-03355277

HAL TEI export of hal-03355277 CCSD CC0 1.0 - Universal

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Single-molecule kinetic locking allows fluorescence-free quantification of protein/nucleic-acid binding Martin Rieu 9e08efad53c0eb8e1e3c04168bef019b ens.psl.eu 1111405 2125280-1111405 Jessica Valle-Orero 3fe6608d99c338d45d185528e13bf9b0 aup.edu 1405551 823851-1405551 Bertrand Ducos efbe0b234363d791a7292d0eff867774 lps.ens.fr 1010863 1185757-1010863 https://orcid.org/0000-0002-5322-1339 Jean-François Allemand bac0eba7006b5a7fd637f2ae0451d586 lps.ens.fr 839439 202276-839439 Vincent Croquette f547ea87670a88f06a3fe1947f339b5a ens.fr vincent-croquette 741604 104127-741604 https://orcid.org/0000-0003-1400-0039 https://www.idref.fr/030959829 Gestionnaire HAL 3 Sorbonne Université a829e169d53d985531a4db19c33011d6 sorbonne-universite.fr This study was supported by the ANR CLEANMD grant (ANR-14-CE10-0014) and ANR G4-CRASH (ANR-19-CE11-0021-01) from the French Agence Nationale de la Recherche (to V.C.) and by the European Research Council grant Magreps [267 862] (to V.C.). Work in the group of V.C.is part of “Institut Pierre-Gilles de Gennes” (“Investissements d’Avenir” program ANR-10-IDEX-0001-02 PSL and ANR-10-LABX-31) and the Qlife Institute of Convergence (Université PSL) 2021-09-27 11:54:38 2026-03-12 17:22:01 2021-09-27 13:19:08 2021 2021-09-27 contributor Gestionnaire HAL 3 Sorbonne Université a829e169d53d985531a4db19c33011d6 sorbonne-universite.fr CCSD hal-03355277 https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03355277 rieu:hal-03355277 <i>Communications Biology</i>, 2021, 4, pp.1083. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1038/s42003-021-02606-z">⟨10.1038/s42003-021-02606-z⟩</a> Communications Biology, 2021, 4, pp.1083. ⟨10.1038/s42003-021-02606-z⟩ HAL Authorization INSERM - Institut national de la santé et de la recherche médicale Ecole Normale Supérieure de Paris ESPCI Paris-PSL CNRS - Centre national de la recherche scientifique ParisTech Université Paris sciences et lettres Sorbonne Université Sorbonne Université 01/01/2018 Laboratoire de physique de l'ENS Université Paris Cité Université Paris Cité Université Paris Cité - Faculté des Sciences École normale supérieure - PSL Ecole Supérieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris - PSL Sorbonne Université - Texte Intégral ANR Alliance Sorbonne Université International No Yes Single-molecule kinetic locking allows fluorescence-free quantification of protein/nucleic-acid binding Martin Rieu 9e08efad53c0eb8e1e3c04168bef019b ens.psl.eu 1111405 2125280-1111405 Jessica Valle-Orero 3fe6608d99c338d45d185528e13bf9b0 aup.edu 1405551 823851-1405551 Bertrand Ducos efbe0b234363d791a7292d0eff867774 lps.ens.fr 1010863 1185757-1010863 https://orcid.org/0000-0002-5322-1339 Jean-François Allemand bac0eba7006b5a7fd637f2ae0451d586 lps.ens.fr 839439 202276-839439 Vincent Croquette f547ea87670a88f06a3fe1947f339b5a ens.fr vincent-croquette 741604 104127-741604 https://orcid.org/0000-0003-1400-0039 https://www.idref.fr/030959829 124966 2399-3642 Communications Biology Nature Publishing Group 4 1083 2021 2021-09-15 10.1038/s42003-021-02606-z PMC8443601 Code English Thermodynamics Single-molecule biophysics Kinetics Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics Journal articles Journal articles Journal articles

Fluorescence-free micro-manipulation of nucleic acids (NA) allows the functional characterization of DNA/RNA processing proteins, without the interference of labels, but currently fails to detect and quantify their binding. To overcome this limitation, we developed a method based on single-molecule force spectroscopy, called kinetic locking , that allows a direct in vitro visualization of protein binding while avoiding any kind of chemical disturbance of the protein’s natural function. We validate kinetic locking by measuring accurately the hybridization energy of ultrashort nucleotides (5, 6, 7 bases) and use it to measure the dynamical interactions of Escherichia coli/E. coli RecQ helicase with its DNA substrate.

157042456 201019092N 03mxktp47 Institut de biologie de l'ENS Paris IBENS 2010-01-01

46, Rue d’Ulm75005 Paris

https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/ ABCD : Biophysique des Biomolécules 2020-01-01 2022-08-31

24 rue Lhomond 75005 Paris

028114779 000000009591493X https://ror.org/03zx86w41 Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris ESPCI Paris 1882-10-01

10 rue Vauquelin, 75231 Paris cedex 05

https://www.espci.psl.eu/fr/ Département de Biologie - ENS-PSL IBENS 1987-01-01

Département de BiologieENS Ulm46 rue d 'Ulm75005 Paris

https://www.biologie.ens.fr/depbio/ 031738419 0000000123532622 https://ror.org/05a0dhs15 École normale supérieure - Paris ENS-PSL 1985-07-24

45, Rue d'Ulm - 75230 Paris cedex 05

https://www.ens.psl.eu/ 241597595 0000 0004 1784 3645 https://ror.org/013cjyk83 Université Paris Sciences et Lettres PSL

60 rue Mazarine 75006 Paris

https://www.psl.eu/ 026388278 https://ror.org/02vjkv261 Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale INSERM

101, rue de Tolbiac, 75013 Paris

http://www.inserm.fr 02636817X 0000000122597504 https://ror.org/02feahw73 Centre National de la Recherche Scientifique CNRS 1939-10-19

https://www.cnrs.fr/ 192153935 201922973T https://ror.org/03a26mh11 Laboratoire de physique de l'ENS - ENS Paris LPENS 2020-01-01

24, rue Lhomond75005 Paris

https://www.lpens.ens.psl.eu/ 221333754 https://ror.org/02en5vm52 Sorbonne Université SU 2018-01-01

21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris

http://www.sorbonne-universite.fr/ 236453505 0000 0004 7885 7602 https://ror.org/05f82e368 Université Paris Cité UPCité 2020-01-01

85 boulevard Saint-Germain75006 Paris

https://u-paris.fr/ Département de Physique de l'ENS-PSL

24 rue Lhomond, 75005 Paris

http://www.phys.ens.fr/ ANR-14-CE10-0014 Appel à projets générique CLEANMD Mécanismes moléculaires et impact de la voie de dégradation des ARNm nonsense (NMD) sur le transcriptome eucaryote. 2014 ANR-19-CE11-0021 G4-crash Collision entre moteurs moléculaires et structures G4 seules ou liées à des protéines de liaison observée à l'échelle de la molécule unique en pinces magnétiques 2019 ANR-10-LABX-0031 IPGG_LABEX Pierre-Gilles de Gennes Institute for microfluidics 2010 ANR-10-IDEX-0001 Initiative d'excellence PSL Paris Sciences et Lettres 2010