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Methods for Studying Microorganisms in the Environment
Fabien Joux
1, *
Jean Claude Bertrand
2
Rutger de Wit
3
Vincent Grossi
4
Laurent Intertaglia
5
Philippe Lebaron
6
Valérie Michotey
2
Philippe Normand
7
Pierre Peyret
8
Patrick Raimbault
2
Christian Tamburini
2
Laurent Urios
9
*
Corresponding author
Fabien Joux 1
Correspondent author
Jean Claude Bertrand 2
Author
Rutger de Wit 3
Author
Vincent Grossi 4
Author
Laurent Intertaglia 5
Author
Philippe Lebaron 6
Author
Valérie Michotey 2
Author IdHAL : valerie-michotey ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6639-2877
Philippe Normand 7
Author
Pierre P. Peyret 8
Author
Patrick Raimbault 2
Author IdHAL : patrick-raimbault ORCID : https://orcid.org/0000-0001-9466-6679
Christian Tamburini 2
Author IdHAL : christiantamburini ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/I-7821-2012 ORCID : https://orcid.org/0000-0003-3752-7423
Laurent Urios 9
Author
1
LOMIC - Laboratoire d'Océanographie Microbienne (Observatoire Océanologique, Banyuls/mer - France)
- OOB - Observatoire océanologique de Banyuls (LABORATOIRE ARAGO BP 44 66651 BANYULS SUR MER CEDEX - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMS2348 (France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7621 (France)
2
MIO - Institut méditerranéen d'océanologie (M.I.O. Institut Méditerranéen d'Océanologie
Bâtiment Méditerranée
163 Avenue de Luminy
13288 Marseille - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR_D235 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UM110 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers : UMR7294 (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7294 (France)
- UTLN - Université de Toulon : UMR7294 (Avenue de l'Université - BP 20132 - 83957 La Garde Cedex - France)
3
Ecosym - Ecologie des systèmes marins côtiers (UNITE de RECHERCHE UMR 5119 CC093 Bâtiment 24 UNIVERSITE MONTPELLIER 2 Place Eugène Bataillon 34095 MONTPELLIER CEDEX 5 - France)
- IFREMER - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (155, rue Jean-Jacques Rousseau - 92 138 Issy-les-Moulineaux - France)
- UM1 - Université Montpellier 1 (5, boulevard Henri IV - CS 19044 - 34967 Montpellier cedex - France)
- UM2 - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques : 5119 (Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier cedex 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5119 (France)
4
LGL-TPE - Laboratoire de Géologie de Lyon - Terre, Planètes, Environnement [Lyon] (2, rue Raphaël Dubois
69622 Villeurbanne Cedex - France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSU - CNRS - Institut national des sciences de l'Univers (INSU-CNRS 3 rue Michel-Ange, 75794 Paris Cedex 16 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5276 (France)
5
OOB - Observatoire océanologique de Banyuls (LABORATOIRE ARAGO BP 44 66651 BANYULS SUR MER CEDEX - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMS2348 (France)
6
LBBM - Laboratoire de Biodiversité et Biotechnologies Microbiennes (Observatoire Océanologique de Banyuls 66650 Banyuls-sur-mer - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : USR3579 (France)
- EDF - EDF (France)
- PIERRE FABRE (France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- OOB - Observatoire océanologique de Banyuls (LABORATOIRE ARAGO BP 44 66651 BANYULS SUR MER CEDEX - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMS2348 (France)
7
LEM - Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (BAT GREGOR MENDEL (ex 741)-4 et 43 Bvd du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1418 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5557 (France)
- VAS - VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (Université de Lyon, VetAgro Sup, 69280 Marcy l'Etoile (campus vétérinaire); Université de Clermont, VetAgro Sup, 63370 Lempdes (campus agronomique) - France)
- ENVL - Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (France)
8
CIDAM - Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament (Facultés de Médecine et de Pharmacie CBRV / RdC et 5ème étage BP 38 / 28, Place Henri-Dunant 63001 / Clermont-Ferrand - France)
- UdA - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I : EA4678 (49, Boulevard François-Mitterrand / CS 60032 / 63001 Clermont-Ferrand Cedex 1 - France)
9
IPREM - Institut Pluridisciplinaire de Recherche sur l'Environnement et les Matériaux (Hélioparc Pau Pyrénées 2 av. P. Angot 64053 PAU CEDEX 9 - France)
- UPPA - Université de Pau et des Pays de l'Adour (Avenue de l'Université - BP 576 - 64012 Pau Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5254 (France)
Abstract : The main methods for the study of microorganisms in the environment (water, soil, sediment, biofilms), the different techniques of sampling for measuring biomass, the activities, and the diversity of the microorganisms are presented. To respond to these various issues, techniques as varied as those of flow cytometry, molecular biology, biochemistry, molecular isotopic tools, or electrochemistry are implemented. These different techniques are described with their advantages and disadvantages for different types of biotopes. The question of the isolation, culture, and conservation of microorganisms from the environment are also addressed. Without being exhaustive, this chapter emphasizes the importance of using appropriate and efficient methodological tools to properly explore the still mysterious compartment of microorganisms in the environment.
Document type :
Book sections
Domain :
Complete list of metadata
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01235538
Contributor : Gestionnaire Hal-Upmc <>
Submitted on : Monday, November 30, 2015 - 11:47:59 AM
Last modification on : Thursday, September 16, 2021 - 9:26:09 AM
Contributor : Gestionnaire Hal-Upmc <>
Submitted on : Monday, November 30, 2015 - 11:47:59 AM
Last modification on : Thursday, September 16, 2021 - 9:26:09 AM
Identifiers
- HAL Id : hal-01235538, version 1
- DOI : 10.1007/978-94-017-9118-2_17
Collections
UPMC | CNRS | UNIV-PAU | UNIV-TLN | INRA | LGL-TPE | OSU-INSTITUT-PYTHEAS | IPREM | LOMIC | INSU | LBBM | UNIV-AMU | BIOENVIS | AGROPOLIS | PRES_CLERMONT | MIO | INC-CNRS | CIDAM | MEDIS | UNIV-LYON1 | EDF | SORBONNE-UNIVERSITE | ENS-LYON | SU-SCIENCES | UMS-2348 | UDL | INRAE | MIO-CEM | MIO-MEB | ECOMIC
Citation
Fabien Joux, Jean Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, et al.. Methods for Studying Microorganisms in the Environment. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.757-829, 2014, 978-94-017-9117-5. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_17⟩. ⟨hal-01235538⟩
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