L'analyse des scènes iconographiques sur les sceaux byzantins offre des informations précieuses sur les tendances religieuses, sociales et politiques de l'empire. La segmentation des éléments iconographiques permet d'extraire des informations détaillées et quantifiables sur chaque élément de design, facilitant ainsi l'analyse numérique des scènes iconographiques. Cependant, cette tâche est complexe en raison de la détérioration des sceaux, de la mauvaise qualité des images et du manque de données. Dans ce travail, nous proposons une fonction de coût intégrant des contraintes structurelles basées sur les relations spatiales attendues entre les éléments iconographiques lors de l'entraînement d'un réseau de neurones. Nous avons évalué la méthode proposée de manière quantitative et qualitative. Les résultats montrent l'intérêt d'intégrer des connaissances a priori sur les relations spatiales pour améliorer les performances dans une tâche de segmentation sémantique difficile.