Durant son développement précoce et avant son implantation au sein de la paroi utérine, l'embryon de souris possède une population de cellules capables de générer tous les tissus nécessaires à la génération du futur fœtus, on dit qu'elles sont pluripotentes. Ces cellules sont rassemblées dans la masse cellulaire interne du blastocyste et peuvent s'auto-renouveler de façon apparemment infinie lorsqu'elles sont dérivées in vitro en cellules souches embryonnaires (ES). La pertinence de l'étude des cellules ES a été démontré par leur caractérisation qui a conduit à la mise au point de protocoles dits de "reprogrammation cellulaire" permettant de reconvertir des cellules somatiques différenciées dans un état pluripotent. Ceci constitue un espoir majeur pour la médecine régénérative. Le travail de ma thèse s'est centré sur l'étude du facteur de transcription (FT) Nanog qui est reconnu comme un régulateur central de l'auto-renouvèlement des cellules ES murines. Nous avons pu avancer dans la caractérisation des mécanismes moléculaires à la base de la fonction régulatrice de Nanog en interaction avec les autres FT dits "de pluripotence". Ce travail a permis de révéler les différentes modalités d'action de ce facteur lui permettant de médié ses fonctions activatrices et répressives à l'échelle du génome entier. Une étude transcriptomique a également permis de mettre à jour des centaines de long ARN non-codants finement régulés par Nanog et dont l'expression est corrélée à l'autorenouvèlement des cellules ES. Ce travail a aussi été accompagné par la mise au point et l’utilisation d’une lignée de cellules ES possédant le système d’activation de la transcription par CRISPR (CRISPRa).