L'humanité dépend fortement de la biodiversité et des services qu'elle nous fournit. Pour prévenir la perte de biodiversité et établir des relations durables avec la nature, l'humanité doit gérer et protéger des ressources naturelles. Le problème de "what to protect" n'est pas nouveau, mais il est devenu aujourd'hui plus important que jamais et pourrait être résolu par une utilisation appropriée des mesures de la biodiversité. De nombreuses mesures de biodiversité ont été élaborées au cours des quatre dernières décennies avec l'abondance des espèces comme l'une des unités centrales. Cependant, les études en écologie et évolution nécessitent une description précise des caractéristiques des espèces pour quantifier au mieux la diversité interspécifique, car en effet les espèces ne sont pas équivalentes. Les premières mesures tenant compte des différences biologiques entre les espèces étaient fondées sur les relations phylogénétiques et les valeurs de traits des espèces. Cependant, beaucoup d'entre elles mesurent la diversité d'un ensemble d'espèces et n'indiquent pas la contribution de chaque espèce à la diversité de l'ensemble. Comme une solution à ce problème, d'autres types de mesures sont apparus au début des années 90's, comparant les espèces en fonction de ce qu'elles ont en commun, mais elles ont été mises de côté, classées à tort comme mesures de la diversité. Néanmoins, ces mesures donnent une valeur à chaque espèce et non à l'ensemble des espèces. Dans cette thèse, nous appelons ces mesures des indices d'originalité des espèces. Une espèce est originale si elle possède des valeurs de traits inhabituels par rapport à toutes les autres espèces dans une communauté ou si elle est phylogénétiquement éloignée des autres. Ainsi, les espèces les plus originales sont celles qui contribuent le plus à la diversité de cette communauté. Dans cette thèse, nous avons cherché à démontrer des avantages des mesures d'originalité, en particulier en biologie de la conservation et en écologie des communautés. Tout d'abord, nous examinons la relation entre les concepts de l'originalité, de la diversité et de la rareté des espèces et nous comparons leurs mesures associées. Poursuivant des liens théoriques entre les mesures d'originalité et de diversité, nous proposons une application pratique d'indices d’originalité en deux étapes (et à deux échelles) à un jeu de données réel des espèces végétales. Enfin, nous discutons des principaux points forts et faibles liés aux données sur les espèces, à l'échelle spatiale des études et au choix des mesures d'originalité, impliqués dans l'analyse d'originalité. Un outil prometteur, les mesures d'originalité pourraient être utilisés avec d'autres entités que des espèces, tels que les gènes ou les habitats, et donc élargir notre compréhension et la conservation de la biodiversité.