A novel approach of homozygous haplotype sharing identifies candidate genes in autism spectrum disorder.
Jillian P Casey
,
Tiago Magalhaes
,
Judith Conroy
,
Regina Regan
,
Naisha Shah
,
Ann Anney
,
Denis C Shields
,
Brett S Abrahams
,
Joana Almeida
,
Elena Bacchelli
(1)
,
Anthony J Bailey
,
Gillian Gill
(2)
,
Agatino Battaglia
(3)
,
Tom Berney
,
Nadia Bolshakova
,
Patrick F Bolton
,
Thomas Bourgeron
(4, 5)
,
Sean Brennan
,
Phil Cali
,
Catarina Correia
,
Christina Corsello
,
Marc Coutanche
,
Geraldine Dawson
,
Maretha de Jonge
,
Richard Delorme
(6)
,
Eftichia Duketis
(7)
,
Fred Duque
,
Ann Estes
,
Penny Farrar
,
Bridget A Fernandez
(8)
,
Susan E Folstein
,
Suzanne Foley
,
Eric Fombonne
(9)
,
Christine M Freitag
(7)
,
John Gilbert
,
Christopher Gill
,
Joseph Glessner
,
Jonathan Green
(10)
,
Stephen J Guter
,
Hakon Hakonarson
,
Richard Holt
(11)
,
Vanessa Hus
,
Roberta Igliozzi
,
Cecilia Kim
,
Sabine M Klauck
(12)
,
Alexander Kolevzon
,
Janine A Lamb
,
Marion Leboyer
(13)
,
Ann Le Couteur
,
Bennett L Leventhal
,
Catherine Lord
,
Sabata C Lund
,
Elena Maestrini
(1)
,
Carine Mantoulan
,
Christian R Marshall
(14, 15)
,
Helen Mcconachie
,
Christopher J Mcdougle
,
Jane Mcgrath
,
William M Mcmahon
,
Alison Merikangas
,
Judith Miller
(16)
,
Fiorella Minopoli
,
Ghazala K Mirza
,
Jeff Munson
,
Stanley F Nelson
,
Gudrun Nygren
,
Guiomar Oliveira
(17)
,
Alistair T Pagnamenta
,
Katerina Papanikolaou
,
Jeremy R Parr
,
Barbara Parrini
,
Andrew Pickles
,
Dalila Pinto
(14)
,
Joseph Piven
,
David J Posey
,
Annemarie Poustka
,
Fritz Poustka
(7)
,
Jiannis Ragoussis
,
Bernadette Roge
,
Michael Rutter
,
Ana F Sequeira
,
Latha Soorya
,
Inês Sousa
,
Nuala Sykes
,
Vera Stoppioni
,
Raffaella Tancredi
,
Maïté Tauber
(18)
,
Ann P Thompson
(19)
,
Susanne Thomson
,
John Tsiantis
,
Herman van Engeland
,
John B Vincent
(20)
,
Fred Volkmar
,
Jacob a S Vorstman
,
Simon Wallace
,
Kai Wang
,
Thomas H Wassink
,
Kathy White
(21)
,
Kirsty Wing
,
Kerstin Wittemeyer
,
Brian L Yaspan
,
Lonnie Zwaigenbaum
(22)
,
Catalina Betancur
(23)
,
Joseph D Buxbaum
(24)
,
Rita M Cantor
,
Edwin H Cook
,
Hilary Coon
,
Michael Cuccaro
,
Daniel H. Geschwind
,
Jonathan L Haines
(25)
,
Joachim Hallmayer
,
Anthony P Monaco
,
John I Nurnberger
,
Margaret A Pericak-Vance
,
Gerard D Schellenberg
,
Stephen W Scherer
(26)
,
James S Sutcliffe
,
Peter Szatmari
(27)
,
Veronica J Vieland
,
Ellen M Wijsman
,
Andrew Green
,
Michael Gill
,
Louise Gallagher
,
Astrid Vicente
,
Sean Ennis
1
UNIBO -
Alma Mater Studiorum Università di Bologna = University of Bologna
2 Open University of Israël
3 IRCCS Fondazione Stella Maris [Pisa]
4 GHFC (UMR_3571 / U-Pasteur_1) - Génétique humaine et fonctions cognitives - Human Genetics and Cognitive Functions
5 IP - Institut Pasteur [Paris]
6 AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris]
7 Goethe University Frankfurt
8 MUN - Memorial University of Newfoundland = Université Memorial de Terre-Neuve [St. John's, Canada]
9 McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]
10 JHU - Johns Hopkins University
11 Autism Research Centre and Section of Developmental Psychiatry
12 DKFZ - German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg]
13 Psychiatrie génétique
14 SickKids - The Hospital for sick children [Toronto]
15 University of Toronto
16 Australian Resources Research Centre, Kensington,
17 SQPOV - Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale
18 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
19 School of Chemistry
20 DLR Institut für Planetenforschung
21 Department of Human Genetics
22 University of Alberta
23 NPS-01 - Génétique de l'autisme = Genetics of Autism
24 Seaver Autism Center for Research and Treatment
25 ICGM ICMMM - Institut Charles Gerhardt Montpellier - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier
26 University of Koblenz-Landau
27 McMaster University [Hamilton, Ontario]
2 Open University of Israël
3 IRCCS Fondazione Stella Maris [Pisa]
4 GHFC (UMR_3571 / U-Pasteur_1) - Génétique humaine et fonctions cognitives - Human Genetics and Cognitive Functions
5 IP - Institut Pasteur [Paris]
6 AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris]
7 Goethe University Frankfurt
8 MUN - Memorial University of Newfoundland = Université Memorial de Terre-Neuve [St. John's, Canada]
9 McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]
10 JHU - Johns Hopkins University
11 Autism Research Centre and Section of Developmental Psychiatry
12 DKFZ - German Cancer Research Center - Deutsches Krebsforschungszentrum [Heidelberg]
13 Psychiatrie génétique
14 SickKids - The Hospital for sick children [Toronto]
15 University of Toronto
16 Australian Resources Research Centre, Kensington,
17 SQPOV - Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale
18 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
19 School of Chemistry
20 DLR Institut für Planetenforschung
21 Department of Human Genetics
22 University of Alberta
23 NPS-01 - Génétique de l'autisme = Genetics of Autism
24 Seaver Autism Center for Research and Treatment
25 ICGM ICMMM - Institut Charles Gerhardt Montpellier - Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux de Montpellier
26 University of Koblenz-Landau
27 McMaster University [Hamilton, Ontario]
Jillian P Casey
- Fonction : Auteur
Tiago Magalhaes
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Judith Conroy
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Regina Regan
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Naisha Shah
- Fonction : Auteur
Ann Anney
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Denis C Shields
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Brett S Abrahams
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Joana Almeida
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Anthony J Bailey
- Fonction : Auteur
Tom Berney
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Nadia Bolshakova
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Patrick F Bolton
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Thomas Bourgeron
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- PersonId : 747963
- IdHAL : thomas-bourgeron
- ORCID : 0000-0001-8164-9220
- IdRef : 119761955
Sean Brennan
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Phil Cali
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Catarina Correia
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Christina Corsello
- Fonction : Auteur
Marc Coutanche
- Fonction : Auteur
Geraldine Dawson
- Fonction : Auteur
Maretha de Jonge
- Fonction : Auteur
Fred Duque
- Fonction : Auteur
Ann Estes
- Fonction : Auteur
Penny Farrar
- Fonction : Auteur
Susan E Folstein
- Fonction : Auteur
Suzanne Foley
- Fonction : Auteur
John Gilbert
- Fonction : Auteur
Christopher Gill
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Joseph Glessner
- Fonction : Auteur
Jonathan Green
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763155
- ORCID : 0000-0002-5003-0203
Stephen J Guter
- Fonction : Auteur
Hakon Hakonarson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763145
- ORCID : 0000-0003-2814-7461
Vanessa Hus
- Fonction : Auteur
Roberta Igliozzi
- Fonction : Auteur
Cecilia Kim
- Fonction : Auteur
Alexander Kolevzon
- Fonction : Auteur
Janine A Lamb
- Fonction : Auteur
Marion Leboyer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756830
- ORCID : 0000-0001-5473-3697
- IdRef : 089352475
Ann Le Couteur
- Fonction : Auteur
Bennett L Leventhal
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Catherine Lord
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Sabata C Lund
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Carine Mantoulan
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Helen Mcconachie
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Christopher J Mcdougle
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Jane Mcgrath
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William M Mcmahon
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Alison Merikangas
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Fiorella Minopoli
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Ghazala K Mirza
- Fonction : Auteur
Jeff Munson
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Stanley F Nelson
- Fonction : Auteur
Gudrun Nygren
- Fonction : Auteur
Alistair T Pagnamenta
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Katerina Papanikolaou
- Fonction : Auteur
Jeremy R Parr
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Barbara Parrini
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Andrew Pickles
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Joseph Piven
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Annemarie Poustka
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Jiannis Ragoussis
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- PersonId : 763156
- ORCID : 0000-0002-8515-0934
Bernadette Roge
- Fonction : Auteur
Michael Rutter
- Fonction : Auteur
Ana F Sequeira
- Fonction : Auteur
Latha Soorya
- Fonction : Auteur
Inês Sousa
- Fonction : Auteur
Nuala Sykes
- Fonction : Auteur
Vera Stoppioni
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Raffaella Tancredi
- Fonction : Auteur
Maïté Tauber
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1097566
- ORCID : 0000-0002-0363-7862
- IdRef : 085677167
Susanne Thomson
- Fonction : Auteur
John Tsiantis
- Fonction : Auteur
Herman van Engeland
- Fonction : Auteur
Fred Volkmar
- Fonction : Auteur
Jacob a S Vorstman
- Fonction : Auteur
Simon Wallace
- Fonction : Auteur
Kai Wang
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- PersonId : 763158
- ORCID : 0000-0001-6269-3517
Thomas H Wassink
- Fonction : Auteur
Kirsty Wing
- Fonction : Auteur
Kerstin Wittemeyer
- Fonction : Auteur
Brian L Yaspan
- Fonction : Auteur
Catalina Betancur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 13320
- IdHAL : catalina-betancur
- ORCID : 0000-0002-3327-4804
- IdRef : 180835750
Rita M Cantor
- Fonction : Auteur
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Michael Gill
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Louise Gallagher
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Astrid Vicente
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Sean Ennis
- Fonction : Auteur
Résumé
Autism spectrum disorder (ASD) is a highly heritable disorder of complex and heterogeneous aetiology. It is primarily characterized by altered cognitive ability including impaired language and communication skills and fundamental deficits in social reciprocity. Despite some notable successes in neuropsychiatric genetics, overall, the high heritability of ASD (~90%) remains poorly explained by common genetic risk variants. However, recent studies suggest that rare genomic variation, in particular copy number variation, may account for a significant proportion of the genetic basis of ASD. We present a large scale analysis to identify candidate genes which may contain low-frequency recessive variation contributing to ASD while taking into account the potential contribution of population differences to the genetic heterogeneity of ASD. Our strategy, homozygous haplotype (HH) mapping, aims to detect homozygous segments of identical haplotype structure that are shared at a higher frequency amongst ASD patients compared to parental controls. The analysis was performed on 1,402 Autism Genome Project trios genotyped for 1 million single nucleotide polymorphisms (SNPs). We identified 25 known and 1,218 novel ASD candidate genes in the discovery analysis including CADM2, ABHD14A, CHRFAM7A, GRIK2, GRM3, EPHA3, FGF10, KCND2, PDZK1, IMMP2L and FOXP2. Furthermore, 10 of the previously reported ASD genes and 300 of the novel candidates identified in the discovery analysis were replicated in an independent sample of 1,182 trios. Our results demonstrate that regions of HH are significantly enriched for previously reported ASD candidate genes and the observed association is independent of gene size (odds ratio 2.10). Our findings highlight the applicability of HH mapping in complex disorders such as ASD and offer an alternative approach to the analysis of genome-wide association data.
Domaines
Neurosciences [q-bio.NC]Origine | Publication financée par une institution |
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