Genomewide Association Study of a Rapid Progression Cohort Identifies New Susceptibility Alleles for AIDS (ANRS Genomewide Association Study 03) - Sorbonne Université
Article Dans Une Revue Journal of Infectious Diseases Année : 2009

Genomewide Association Study of a Rapid Progression Cohort Identifies New Susceptibility Alleles for AIDS (ANRS Genomewide Association Study 03)

Sigrid Le Clerc
  • Fonction : Auteur
Institut Mondor de Recherche Biomédicale
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Chaire de Bioinformatique
Sophie Limou
Centre National de Génotypage
Institut de Génomique d'Evry
Institut Mondor de Recherche Biomédicale
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Chaire de Bioinformatique
Cédric Coulonges
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 757323
  • IdRef : 157478335
Chaire de Bioinformatique
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Wassila Carpentier
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 910018
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière
Christian Dina
Institut Pasteur de Lille
Institut de biologie de Lille - UMS 3702
Lieng Taing
  • Fonction : Auteur
Chaire de Bioinformatique
Olivier Delaneau
Chaire de Bioinformatique
Taoufik Labib
  • Fonction : Auteur
Chaire de Bioinformatique
Institut Mondor de Recherche Biomédicale
Rob Sladek
  • Fonction : Auteur
McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]
Christiane Deveau
  • Fonction : Auteur
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Hélène Guillemain
  • Fonction : Auteur
Chaire de Bioinformatique
Rojo Ratsimandresy
  • Fonction : Auteur
Chaire de Bioinformatique
Matthieu Montes
Chaire de Bioinformatique
CV
Jean-Louis Spadoni
  • Fonction : Auteur
Chaire de Bioinformatique
Amu Therwath
  • Fonction : Auteur
François Schächter
  • Fonction : Auteur
Chaire de Bioinformatique
Fumihiko Matsuda
Etudes génomiques trans-ethniques des maladies multifactorielles
Ivo Gut
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 924707
Centre National de Génotypage
Institut de Génomique d'Evry
Jean-Daniel Lelievre
  • Fonction : Auteur
Institut Mondor de Recherche Biomédicale
Yves Levy
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 993190
Institut Mondor de Recherche Biomédicale
Philippe Froguel
  • Fonction : Auteur
Institut Pasteur de Lille
Institut de biologie de Lille - UMS 3702
Imperial College London
Jean-François Delfraissy
  • Fonction : Auteur
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Serge Hercberg
Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle
Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Ile-de-France
UFR Santé, Médecine et Biologie Humaine
Jean-François Zagury
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 964657
Chaire de Bioinformatique
Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
Institut Mondor de Recherche Biomédicale

Résumé

BackgroundPrevious genomewide association studies (GWASs) of AIDS have targeted end points based on the control of viral load and disease nonprogression. The discovery of genetic factors that predispose individuals to rapid progression to AIDS should also reveal new insights into the molecular etiology of the pathology MethodsWe undertook a case-control GWAS of a unique cohort of 85 human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1)–infected patients who experienced rapid disease progression, using Illumina HumanHap300 BeadChips. The case group was compared with a control group of 1352 individuals for the 291,119 autosomal single-nucleotide polymorphisms (SNPs) passing the quality control tests, using the false-discovery rate (FDR) statistical method for multitest correction ResultsNovel associations with rapid progression (FDR, ⩽25%) were identified for PRMT6 (P=6.1×10-7; odds ratio [OR], 0.24), SOX5 (P=1.8×10-6; OR, 0.45), RXRG (P=3.9×10-6; OR, 3.29), and TGFBRAP1 (P=7×10-6; OR, 0.34). The haplotype analysis identified exonic and promoter SNPs potentially important for PRMT6 and TGFBRAP1 function ConclusionsThe statistical and biological relevance of these associations and their high ORs underscore the power of extreme phenotypes for GWASs, even with a modest sample size. These genetic results emphasize the role of the transforming growth factor β pathway in the pathogenesis of HIV-1 disease. Finally, the wealth of information provided by this study should help unravel new diagnostic and therapeutic targets

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Dates et versions

hal-02566721 , version 1 (07-05-2020)

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Citer

Sigrid Le Clerc, Sophie Limou, Cédric Coulonges, Wassila Carpentier, Christian Dina, et al.. Genomewide Association Study of a Rapid Progression Cohort Identifies New Susceptibility Alleles for AIDS (ANRS Genomewide Association Study 03). Journal of Infectious Diseases, 2009, 200 (8), pp.1194-1201. ⟨10.1086/605892⟩. ⟨hal-02566721⟩

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