Genomewide Association Study of an AIDS‐Nonprogression Cohort Emphasizes the Role Played by HLA Genes (ANRS Genomewide Association Study 02)
Sophie Limou
(1, 2, 3, 4, 5)
,
Sigrid Le Clerc
(1, 2, 3)
,
Cédric Coulonges
(1, 2)
,
Wassila Carpentier
(6, 2)
,
Christian Dina
(7, 8)
,
Olivier Delaneau
(1)
,
Taoufik Labib
(1, 3)
,
Lieng Taing
(1)
,
Rob Sladek
(9)
,
Christiane Deveau
(2)
,
Rojo Ratsimandresy
(1)
,
Matthieu Montes
(1)
,
Jean-Louis Spadoni
(1)
,
Jean-Daniel Lelièvre
(3)
,
Yves Levy
(3)
,
Amu Therwath
(10)
,
François Schächter
(1)
,
Fumihiko Matsuda
(11)
,
Ivo Gut
(4, 5)
,
Philippe Froguel
(8, 7, 12)
,
Jean-François Delfraissy
(13)
,
Serge Hercberg
(14, 15, 16, 17)
,
Jean-François Zagury
(1, 13, 3)
1
Chaire de Bioinformatique
2 ANRS - Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
3 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
4 IG - Institut de Génomique d'Evry
5 CNG - Centre National de Génotypage
6 P3S - Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière
7 Institut Pasteur de Lille
8 IBL - Institut de biologie de Lille - UMS 3702
9 McGill University and Genome Quebec Innovation Centre
10 UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7
11 Etudes génomiques trans-ethniques des maladies multifactorielles
12 Imperial College London
13 ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites
14 UREN - Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle
15 CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153) - Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité
16 CRNH-IDF - Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Ile-de-France
17 UFR SMBH - UFR Santé, Médecine et Biologie Humaine
2 ANRS - Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites Virales
3 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
4 IG - Institut de Génomique d'Evry
5 CNG - Centre National de Génotypage
6 P3S - Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière
7 Institut Pasteur de Lille
8 IBL - Institut de biologie de Lille - UMS 3702
9 McGill University and Genome Quebec Innovation Centre
10 UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7
11 Etudes génomiques trans-ethniques des maladies multifactorielles
12 Imperial College London
13 ANRS France Recherche Nord & sud Sida-hiv hépatites
14 UREN - Unité de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle
15 CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153) - Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité
16 CRNH-IDF - Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Ile-de-France
17 UFR SMBH - UFR Santé, Médecine et Biologie Humaine
Sophie Limou
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1191789
- ORCID : 0000-0002-7702-8234
- IdRef : 146362705
Cédric Coulonges
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757323
- IdRef : 157478335
Wassila Carpentier
- Fonction : Auteur
- PersonId : 910018
Christian Dina
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756757
- ORCID : 0000-0002-7722-7348
- IdRef : 185866557
Olivier Delaneau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757324
- ORCID : 0000-0002-3906-8446
Matthieu Montes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 745068
- IdHAL : maitrezu
- ORCID : 0000-0001-5921-460X
- IdRef : 121837505
Fumihiko Matsuda
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758748
- ORCID : 0000-0003-4557-4553
Serge Hercberg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1136672
- ORCID : 0000-0002-3168-1350
- IdRef : 02858709X
Jean-François Zagury
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- Fonction : Auteur correspondant
- PersonId : 964657
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Résumé
To elucidate the genetic factors predisposing to AIDS progression, we analyzed a unique cohort of 275 human immunodeficiency virus (HIV) type 1-seropositive nonprogressor patients in relation to a control group of 1352 seronegative individuals in a genomewide association study (GWAS). The strongest association was obtained for HCP5 rs2395029 (P=6.79x10(-10); odds ratio, 3.47) and was possibly linked to an effect of sex. Interestingly, this single-nucleotide polymorphism (SNP) was in high linkage disequilibrium with HLA-B, MICB, TNF, and several other HLA locus SNPs and haplotypes. A meta-analysis of our genomic data combined with data from the previously conducted Euro-CHAVI (Center for HIV/AIDS Vaccine Immunology) GWAS confirmed the HCP5 signal (P=3.02x10(-19)) and identified several new associations, all of them involving HLA genes: MICB, TNF, RDBP, BAT1-5, PSORS1C1, and HLA-C. Finally, stratification by HCP5 rs2395029 genotypes emphasized an independent role for ZNRD1, also in the HLA locus, and this finding was confirmed by experimental data. The present study, the first GWAS of HIV-1 nonprogressors, underscores the potential for some HLA genes to control disease progression soon after infection.