Un déséquilibre de la composition du microbiote intestinal ou de ses fonctions est fréquemment observé en cas d’obésité et de maladie métabolique. De nombreuses études sur modèle murin montrent que la modification de la dysbiose du microbiote par diverses méthodes est associée à une amélioration des paramètres métaboliques. Chez l’homme, des interventions diététiques ou la chirurgie bariatrique sont accompagnées de modifications plus ou moins importantes de la composition du microbiote. La transplantation de microbiote fécal (TMF) est une option pleine de potentiel pour modifier la composition de ce microbiote intestinal, néanmoins, elle n’est pour le moment officiellement indiquée que dans le traitement des colites récurrentes à Clostridioides difficile. La littérature documentant l’effet du transfert de microbiote fécal dans les maladies métaboliques est en effet beaucoup moins abondante et réalisée sur des petits effectifs. Il a toutefois été montré que la TMF de donneurs sains à des patients obèses souffrant de syndrome métabolique améliorait leur sensibilité à l’insuline de manière significative en dépit de la grande variabilité de réponse. Cette variabilité semble en grande partie dépendante de la différence de richesse entre le microbiote du donneur et celui du receveur. À ce jour, l’impact du choix du donneur, du protocole de préparation, de conservation et d’administration de l’inoculum, ainsi que de l’éventuelle préparation du receveur sont à explorer.