Critical assessment of protein intrinsic disorder prediction - Sorbonne Université
Article Dans Une Revue Nature Methods Année : 2021

Critical assessment of protein intrinsic disorder prediction

Marco Necci (1) , Damiano Piovesan (1) , Silvio C E Tosatto (1) , Md Tamjidul Hoque , Ian Walsh , Sumaiya Iqbal , Michele Vendruscolo , Pietro Sormanni , Chen Wang , Daniele Raimondi , Ronesh Sharma , Yaoqi Zhou , Thomas Litfin , Oxana Valerianovna Galzitskaya , Michail Yu. Lobanov , Wim Vranken , Björn Wallner , Claudio Mirabello , Nawar Malhis , Zsuzsanna Dosztányi , Gábor Erdős , Bálint Mészáros , Jianzhao Gao , Kui Wang , Gang Hu , Zhonghua Wu , Alok Sharma , Jack Hanson , Kuldip Paliwal , Isabelle Callebaut (2) , Tristan Bitard-Feildel , Gabriele Orlando , Zhenling Peng , Jinbo Xu , Sheng Wang , David T. Jones , Domenico Cozzetto , Fanchi Meng , Jing Yan , Jörg Gsponer , Jianlin Cheng , Tianqi Wu , Lukasz Kurgan , Vasilis J. Promponas , Stella Tamana , Cristina Marino-Buslje , Elizabeth Martínez-Pérez , Anastasia Chasapi , Christos Ouzounis , A. Keith Dunker , Andrey V. Kajava , Jeremy Y. Leclercq , Burcu Aykac-Fas , Matteo Lambrughi , Emiliano Maiani , Elena Papaleo , Lucia Beatriz Chemes , Lucía Álvarez , Nicolás S. González-Foutel , Valentin Iglesias , Jordi Pujols , Salvador Ventura , Nicolás Palopoli , Guillermo Ignacio Benítez , Gustavo Parisi , Claudio Bassot , Arne Elofsson , Sudha Govindarajan , John Lamb , Marco Salvatore , András Hatos , Alexander Miguel Monzon , Martina Bevilacqua , Ivan Mičetić , Giovanni Minervini , Lisanna Paladin , Federica Quaglia , Emanuela Leonardi , Norman Davey , Tamas Horvath , Orsolya Panna Kovacs , Nikoletta Murvai , Rita Pancsa , Eva Schad , Beata Szabo , Agnes Tantos , Sandra Macedo-Ribeiro , Jose Antonio Manso , Pedro José Barbosa Pereira , Radoslav Davidović , Nevena Veljkovic , Borbála Hajdu-Soltész , Mátyás Pajkos , Tamás Szaniszló , Mainak Guharoy , Tamas Lazar , Mauricio Macossay-Castillo , Peter Tompa
Md Tamjidul Hoque
  • Fonction : Auteur
Ian Walsh
  • Fonction : Auteur
Sumaiya Iqbal
  • Fonction : Auteur
Michele Vendruscolo
  • Fonction : Auteur
Pietro Sormanni
  • Fonction : Auteur
Chen Wang
Daniele Raimondi
  • Fonction : Auteur
Ronesh Sharma
  • Fonction : Auteur
Yaoqi Zhou
  • Fonction : Auteur
Thomas Litfin
  • Fonction : Auteur
Oxana Valerianovna Galzitskaya
  • Fonction : Auteur
Michail Yu. Lobanov
  • Fonction : Auteur
Wim Vranken
Björn Wallner
  • Fonction : Auteur
Claudio Mirabello
  • Fonction : Auteur
Nawar Malhis
  • Fonction : Auteur
Zsuzsanna Dosztányi
Gábor Erdős
Bálint Mészáros
Jianzhao Gao
  • Fonction : Auteur
Kui Wang
  • Fonction : Auteur
Gang Hu
  • Fonction : Auteur
Zhonghua Wu
  • Fonction : Auteur
Alok Sharma
  • Fonction : Auteur
Jack Hanson
  • Fonction : Auteur
Kuldip Paliwal
  • Fonction : Auteur
Tristan Bitard-Feildel
  • Fonction : Auteur
Gabriele Orlando
  • Fonction : Auteur
Zhenling Peng
  • Fonction : Auteur
Jinbo Xu
  • Fonction : Auteur
Sheng Wang
  • Fonction : Auteur
David T. Jones
  • Fonction : Auteur
Domenico Cozzetto
  • Fonction : Auteur
Fanchi Meng
  • Fonction : Auteur
Jing Yan
  • Fonction : Auteur
Jörg Gsponer
  • Fonction : Auteur
Jianlin Cheng
  • Fonction : Auteur
Tianqi Wu
  • Fonction : Auteur
Lukasz Kurgan
  • Fonction : Auteur
Vasilis J. Promponas
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Stella Tamana
  • Fonction : Auteur
Cristina Marino-Buslje
Elizabeth Martínez-Pérez
Anastasia Chasapi
Christos Ouzounis
  • Fonction : Auteur
A. Keith Dunker
  • Fonction : Auteur
Andrey V. Kajava
  • Fonction : Auteur
Jeremy Y. Leclercq
  • Fonction : Auteur
Burcu Aykac-Fas
Matteo Lambrughi
Emiliano Maiani
Elena Papaleo
Lucia Beatriz Chemes
  • Fonction : Auteur
Lucía Álvarez
  • Fonction : Auteur
Nicolás S. González-Foutel
  • Fonction : Auteur
Valentin Iglesias
  • Fonction : Auteur
Jordi Pujols
Salvador Ventura
Nicolás Palopoli
Guillermo Ignacio Benítez
  • Fonction : Auteur
Gustavo Parisi
Claudio Bassot
Arne Elofsson
Sudha Govindarajan
  • Fonction : Auteur
John Lamb
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Marco Salvatore
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András Hatos
Alexander Miguel Monzon
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Martina Bevilacqua
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Ivan Mičetić
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Giovanni Minervini
Lisanna Paladin
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Federica Quaglia
Emanuela Leonardi
Norman Davey
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Tamas Horvath
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Orsolya Panna Kovacs
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Nikoletta Murvai
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Rita Pancsa
Eva Schad
Beata Szabo
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Agnes Tantos
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Sandra Macedo-Ribeiro
Jose Antonio Manso
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Pedro José Barbosa Pereira
  • Fonction : Auteur
Radoslav Davidović
Nevena Veljkovic
Borbála Hajdu-Soltész
  • Fonction : Auteur
Mátyás Pajkos
Tamás Szaniszló
Mainak Guharoy
  • Fonction : Auteur
Tamas Lazar
Mauricio Macossay-Castillo
  • Fonction : Auteur
Peter Tompa

Résumé

Intrinsically disordered proteins, defying the traditional protein structure–function paradigm, are a challenge to study experimentally. Because a large part of our knowledge rests on computational predictions, it is crucial that their accuracy is high. The Critical Assessment of protein Intrinsic Disorder prediction (CAID) experiment was established as a community-based blind test to determine the state of the art in prediction of intrinsically disordered regions and the subset of residues involved in binding. A total of 43 methods were evaluated on a dataset of 646 proteins from DisProt. The best methods use deep learning techniques and notably outperform physicochemical methods. The top disorder predictor has F max = 0.483 on the full dataset and F max = 0.792 following filtering out of bona fide structured regions. Disordered binding regions remain hard to predict, with F max = 0.231. Interestingly, computing times among methods can vary by up to four orders of magnitude.
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Dates et versions

hal-03329755 , version 2 (11-10-2021)
hal-03329755 , version 1 (11-10-2021)

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Citer

Marco Necci, Damiano Piovesan, Silvio C E Tosatto, Md Tamjidul Hoque, Ian Walsh, et al.. Critical assessment of protein intrinsic disorder prediction. Nature Methods, 2021, 18 (5), pp.472 - 481. ⟨10.1038/s41592-021-01117-3⟩. ⟨hal-03329755v2⟩
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