Mapping of HIV-1C Transmission Networks Reveals Extensive Spread of Viral Lineages Across Villages in Botswana Treatment-as-Prevention Trial
Vlad Novitsky
(1, 2)
,
Melissa Zahralban-Steele
(2)
,
Sikhulile Moyo
(1, 2)
,
Tapiwa Nkhisang
,
Dorcas Maruapula
(1)
,
Mary Fran Mclane
,
Jean Leidner
,
Kara Bennett
,
Lucie Abeler-Dörner
,
David Bonsall
,
Christophe Fraser
,
Tanya Golubchik
,
Helen Ayles
,
Rory Bowden
,
Vincent Calvez
(3, 4)
,
Sarah Fidler
,
Kate Grabowski
,
Joseph Kagaayi
,
Richard Hayes
,
Janet Seeley
,
Joshua Herbeck
,
Jairam Lingappa
,
Pontiano Kaleebu
,
Deogratius Ssemwanga
,
Deenan Pillay
,
Frank Tanser
,
Thomas Quinn
,
Andrew Rambaut
,
Andrew Leigh-Brown
,
Oliver Ratmann
,
Maria Wawer
,
Myron Cohen
,
Ann Dennis
,
Tulio d'Oliveira
,
Dan Frampton
,
Anne Hoppe
,
Paul Kellam
,
Cissy Kityo
,
Nick Paton
,
Kathleen E Wirth
(2)
,
Tendani Gaolathe
(1)
,
Etienne Kadima
(1)
,
Unoda Chakalisa
(1)
,
Molly Pretorius Holme
(2)
,
Shahin Lockman
(1, 2)
,
Mompati Mmalane
(1)
,
Joseph Makhema
(1, 2)
,
Simani Gaseitsiwe
(1, 2)
,
Victor Degruttola
(2)
,
M Essex
(1, 2)
Tapiwa Nkhisang
- Fonction : Auteur
Mary Fran Mclane
- Fonction : Auteur
Jean Leidner
- Fonction : Auteur
Kara Bennett
- Fonction : Auteur
Lucie Abeler-Dörner
- Fonction : Auteur
David Bonsall
- Fonction : Auteur
Christophe Fraser
- Fonction : Auteur
Tanya Golubchik
- Fonction : Auteur
Helen Ayles
- Fonction : Auteur
Rory Bowden
- Fonction : Auteur
Vincent Calvez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 916123
- ORCID : 0009-0002-6855-3472
- IdRef : 059680504
Sarah Fidler
- Fonction : Auteur
Kate Grabowski
- Fonction : Auteur
Joseph Kagaayi
- Fonction : Auteur
Richard Hayes
- Fonction : Auteur
Janet Seeley
- Fonction : Auteur
Joshua Herbeck
- Fonction : Auteur
Jairam Lingappa
- Fonction : Auteur
Pontiano Kaleebu
- Fonction : Auteur
Deogratius Ssemwanga
- Fonction : Auteur
Deenan Pillay
- Fonction : Auteur
Frank Tanser
- Fonction : Auteur
Thomas Quinn
- Fonction : Auteur
Andrew Rambaut
- Fonction : Auteur
Andrew Leigh-Brown
- Fonction : Auteur
Oliver Ratmann
- Fonction : Auteur
Maria Wawer
- Fonction : Auteur
Myron Cohen
- Fonction : Auteur
Ann Dennis
- Fonction : Auteur
Tulio d'Oliveira
- Fonction : Auteur
Dan Frampton
- Fonction : Auteur
Anne Hoppe
- Fonction : Auteur
Paul Kellam
- Fonction : Auteur
Cissy Kityo
- Fonction : Auteur
Nick Paton
- Fonction : Auteur
Résumé
Abstract Background Phylogenetic mapping of HIV-1 lineages circulating across defined geographical locations is promising for better understanding HIV transmission networks to design optimal prevention interventions. Methods We obtained near full-length HIV-1 genome sequences from people living with HIV (PLWH), including participants on antiretroviral treatment in the Botswana Combination Prevention Project, conducted in 30 Botswana communities in 2013\textendash 2018. Phylogenetic relationships among viral sequences were estimated by maximum likelihood. Results We obtained 6078 near full-length HIV-1C genome sequences from 6075 PLWH. We identified 984 phylogenetically distinct HIV-1 lineages (molecular HIV clusters) circulating in Botswana by mid-2018, with 2\textendash 27 members per cluster. Of these, dyads accounted for 62%, approximately 32% (n\hspace0.25em=\hspace0.25em316) were found in single communities, and 68% (n\hspace0.25em=\hspace0.25em668) were spread across multiple communities. Men in clusters were approximately 3 years older than women (median age 42 years, vs 39 years; P\hspace0.25em<\hspace0.25em.0001). In 65% of clusters, men were older than women, while in 35% of clusters women were older than men. The majority of identified viral lineages were spread across multiple communities. Conclusions A large number of circulating phylogenetically distinct HIV-1C lineages (molecular HIV clusters) suggests highly diversified HIV transmission networks across Botswana communities by 2018.