Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2022

Clinical phenotypes and outcomes associated with SARS-CoV-2 variant Omicron in critically ill French patients with COVID-19

Nicolas de Prost (1, 2, 3) , Etienne Audureau (4, 1, 3) , Nicholas Heming (5, 6) , Elyanne Gault (5, 7) , Tài Pham (8, 9, 2) , Amal Chaghouri (10) , Nina de Montmollin (11, 12, 13) , Guillaume Voiriot (13) , Laurence Morand-Joubert (14, 15) , Adrien Joseph (16, 17) , Marie-Laure Chaix (18, 19, 20) , Sébastien Préau (21, 22) , Raphaël Favory (23, 21) , Aurélie Guigon (24) , Charles-Edouard Luyt (25, 26) , Sonia Burrel (14, 25) , Julien Mayaux (25) , Stéphane Marot (14, 25) , Damien Roux (15, 27) , Diane Descamps (28, 29) , Sylvie Meireles (7) , Frédéric Pène (30) , Flore Rozenberg (31) , Damien Contou (32) , Amandine Henry (33, 32) , Stéphane Gaudry (34) , Ségolène Brichler (34) , Jean-François Timsit (29, 28) , Antoine Kimmoun (35, 36, 37) , Cédric Hartard (38, 39) , Louise-Marie Jandeaux (40, 41, 42, 43) , Samira Fafi-Kremer (44, 45) , Paul Gabarre (15) , Malo Emery (46) , Claudio Garcia-Sanchez (46) , Sébastien Jochmans (47) , Aurélia Pitsch (47) , Djillali Annane (48) , Elie Azoulay (17) , Armand Mekontso Dessap (49, 2, 3) , Christophe Rodriguez (3, 49, 50) , Jean-Michel Pawlotsky (3, 49, 50) , Slim Fourati (3, 49, 50)
1 CHU Henri Mondor [Créteil]
2 CARMAS - Groupe de recherche clinique CARMAS (Cardiovascular and Respiratory Manifestations of Acute lung injury and Sepsis)
3 UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
4 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
5 2I - Infection et inflammation
6 Hôpital Raymond Poincaré (Garches) [GHU AP-HP Université Paris-Saclay]
7 Hôpital Ambroise Paré [AP-HP]
8 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
9 Hôpital Bicêtre [AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre]
10 Hôpital Paul Brousse
11 Département des maladies respiratoires [CHU Cochin]
12 CRSA - Centre de Recherche Saint-Antoine
13 CHU Tenon [AP-HP]
14 iPLESP - Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique
15 CHU Saint-Antoine [AP-HP]
16 CRC (UMR_S_1138 / U1138) - Centre de Recherche des Cordeliers
17 AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
18 GenCellDis (U944 / UMR7212) - Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques
19 Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis]
20 HIPI (UMR_S_976 / U976) - Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie
21 RID-AGE - Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167
22 CHRU Lille - Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille]
23 Hôpital Roger Salengro [Lille]
24 Service de Virologie [Lille]
25 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
26 ICAN - Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases
27 INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151) - Institut Necker Enfants-Malades
28 IAME (UMR_S_1137 / U1137) - Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution
29 AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
30 Hôpital Cochin [AP-HP]
31 Service de Virologie [CHU Cochin]
32 CH Argenteuil - Centre hospitalier Victor Dupouy [Centre hospitalier d'Argenteuil]
33 CeRéMAIA - Hôpital André Mignot - Centre de Référence des Maladies Auto-Inflammatoires et des Amyloses [CH Versailles]
34 Hôpital Avicenne [AP-HP]
35 DCAC - Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique
36 INI-CRCT - Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy]
37 CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy
38 LCPME - Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement
39 Service de Virologie [CHRU Nancy]
40 NanoRegMed - Nanomédecine Régénérative
41 CRBS - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg
42 FMTS - Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg
43 Service de Médecine Intensive et Réanimation [Strasbourg]
44 IRM - Immuno-Rhumatologie Moléculaire
45 Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg
46 Hôpital Saint-Camille [Bry-sur-Marne]
47 CHM - Centre Hospitalier de Melun
48 Service de réanimation medico-chirurgicale [CHU Raymond-Poincaré]
49 Hôpital Henri Mondor
50 U955 Inserm - UPEC - IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil]
Nicolas de Prost
CHU Henri Mondor [Créteil]
CARMAS - Groupe de recherche clinique CARMAS (Cardiovascular and Respiratory Manifestations of Acute lung injury and Sepsis)
UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
Etienne Audureau
IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
CHU Henri Mondor [Créteil]
UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
Nicholas Heming
  • Fonction : Auteur
2I - Infection et inflammation
Hôpital Raymond Poincaré (Garches) [GHU AP-HP Université Paris-Saclay]
Elyanne Gault
  • Fonction : Auteur
2I - Infection et inflammation
Hôpital Ambroise Paré [AP-HP]
Tài Pham
CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
Hôpital Bicêtre [AP-HP, Le Kremlin-Bicêtre]
CARMAS - Groupe de recherche clinique CARMAS (Cardiovascular and Respiratory Manifestations of Acute lung injury and Sepsis)
CV
Amal Chaghouri
  • Fonction : Auteur
Hôpital Paul Brousse
Nina de Montmollin
  • Fonction : Auteur
Département des maladies respiratoires [CHU Cochin]
CRSA - Centre de Recherche Saint-Antoine
CHU Tenon [AP-HP]
Guillaume Voiriot
  • Fonction : Auteur
CHU Tenon [AP-HP]
Laurence Morand-Joubert
iPLESP - Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
Adrien Joseph
  • Fonction : Auteur
CRC (UMR_S_1138 / U1138) - Centre de Recherche des Cordeliers
AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
Marie-Laure Chaix
  • Fonction : Auteur
GenCellDis (U944 / UMR7212) - Génomes, biologie cellulaire et thérapeutiques
Laboratoire de Virologie [CHU Saint-Louis]
HIPI (UMR_S_976 / U976) - Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie
Sébastien Préau
RID-AGE - Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167
CHRU Lille - Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille]
Raphaël Favory
  • Fonction : Auteur
Hôpital Roger Salengro [Lille]
RID-AGE - Facteurs de Risque et Déterminants Moléculaires des Maladies liées au Vieillissement - U 1167
Aurélie Guigon
  • Fonction : Auteur
Service de Virologie [Lille]
Charles-Edouard Luyt
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
ICAN - Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases
Sonia Burrel
iPLESP - Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Julien Mayaux
  • Fonction : Auteur
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Stéphane Marot
  • Fonction : Auteur
iPLESP - Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique
CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
Damien Roux
  • Fonction : Auteur
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151) - Institut Necker Enfants-Malades
Diane Descamps
  • Fonction : Auteur
IAME (UMR_S_1137 / U1137) - Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution
AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
Sylvie Meireles
  • Fonction : Auteur
Hôpital Ambroise Paré [AP-HP]
Frédéric Pène
  • Fonction : Auteur
Hôpital Cochin [AP-HP]
Flore Rozenberg
  • Fonction : Auteur
Service de Virologie [CHU Cochin]
Damien Contou
  • Fonction : Auteur
CH Argenteuil - Centre hospitalier Victor Dupouy [Centre hospitalier d'Argenteuil]
Amandine Henry
CeRéMAIA - Hôpital André Mignot - Centre de Référence des Maladies Auto-Inflammatoires et des Amyloses [CH Versailles]
CH Argenteuil - Centre hospitalier Victor Dupouy [Centre hospitalier d'Argenteuil]
Stéphane Gaudry
  • Fonction : Auteur
Hôpital Avicenne [AP-HP]
Ségolène Brichler
  • Fonction : Auteur
Hôpital Avicenne [AP-HP]
Jean-François Timsit
AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
IAME (UMR_S_1137 / U1137) - Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution
Antoine Kimmoun
DCAC - Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique
INI-CRCT - Cardiovascular and Renal Clinical Trialists [Vandoeuvre-les-Nancy]
CHRU Nancy - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy
Cédric Hartard
LCPME - Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement
Service de Virologie [CHRU Nancy]
Louise-Marie Jandeaux
  • Fonction : Auteur
NanoRegMed - Nanomédecine Régénérative
CRBS - Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg
FMTS - Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg
Service de Médecine Intensive et Réanimation [Strasbourg]
Samira Fafi-Kremer
IRM - Immuno-Rhumatologie Moléculaire
Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg
Paul Gabarre
  • Fonction : Auteur
CHU Saint-Antoine [AP-HP]
Malo Emery
  • Fonction : Auteur
Hôpital Saint-Camille [Bry-sur-Marne]
Claudio Garcia-Sanchez
  • Fonction : Auteur
Hôpital Saint-Camille [Bry-sur-Marne]
Sébastien Jochmans
  • Fonction : Auteur
CHM - Centre Hospitalier de Melun
Aurélia Pitsch
  • Fonction : Auteur
CHM - Centre Hospitalier de Melun
Djillali Annane
Service de réanimation medico-chirurgicale [CHU Raymond-Poincaré]
Elie Azoulay
AP-HP - Hopital Saint-Louis [AP-HP]
Armand Mekontso Dessap
Hôpital Henri Mondor
CARMAS - Groupe de recherche clinique CARMAS (Cardiovascular and Respiratory Manifestations of Acute lung injury and Sepsis)
UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
Christophe Rodriguez
UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
Hôpital Henri Mondor
U955 Inserm - UPEC - IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil]
Jean-Michel Pawlotsky
UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
Hôpital Henri Mondor
U955 Inserm - UPEC - IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil]
Slim Fourati
  • Fonction : Auteur
UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12
Hôpital Henri Mondor
U955 Inserm - UPEC - IMRB - VHC/"Viruses-Hepatology-Cancers" [Créteil]

Résumé

Infection with SARS-CoV-2 variant Omicron is considered to be less severe than infection with variant Delta, with rarer occurrence of severe disease requiring intensive care. Little information is available on comorbid factors, clinical conditions and specific viral mutational patterns associated with the severity of variant Omicron infection. In this multicenter prospective cohort study, patients consecutively admitted for severe COVID-19 in 20 intensive care units in France between December 7th 2021 and May 1st 2022 were included. Among 259 patients, we show that the clinical phenotype of patients infected with variant Omicron (n = 148) is different from that in those infected with variant Delta (n = 111). We observe no significant relationship between Delta and Omicron variant lineages/sublineages and 28-day mortality (adjusted odds ratio [95% confidence interval] = 0.68 [0.35-1.32]; p = 0.253). Among Omicroninfected patients, 43.2% are immunocompromised, most of whom have received two doses of vaccine or more (85.9%) but display a poor humoral response to vaccination. The mortality rate of immunocompromised patients infected with variant Omicron is significantly higher than that of nonimmunocompromised patients (46.9% vs 26.2%; p = 0.009). In patients infected with variant Omicron, there is no association between specific sublineages (BA.1/BA.1.1 (n = 109) and BA.2 (n = 21)) or any viral genome polymorphisms/ mutational profile and 28-day mortality.

Domaines

Fichier principal
Vignette du fichier
41467_2022_Article_33801.pdf (1.41 Mo) Télécharger le fichier
Origine Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
Licence
CC0 1.0 - Universel
HAL

A comme version hal-04073916 Article Nicolas de Prost, Etienne Audureau, Nicholas Heming, Elyanne Gault, Tài Pham, et al.. Author Correction: Clinical phenotypes and outcomes associated with SARS-CoV-2 variant Omicron in critically ill French patients with COVID-19. Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.7547. ⟨10.1038/s41467-022-34575-0⟩. ⟨hal-04073916⟩

Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03947764

Soumis le : jeudi 19 janvier 2023-18:31:44

Dernière modification le : vendredi 17 avril 2026-10:49:51

Télécharger pour visualiser

Dates et versions

hal-03947764 , version 1 (19-01-2023)

Licence

CC0 1.0 - Universel

Identifiants

Citer

Nicolas de Prost, Etienne Audureau, Nicholas Heming, Elyanne Gault, Tài Pham, et al.. Clinical phenotypes and outcomes associated with SARS-CoV-2 variant Omicron in critically ill French patients with COVID-19. Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.6025. ⟨10.1038/s41467-022-33801-z⟩. ⟨hal-03947764⟩

Exporter

Collections

569 Consultations
488 Téléchargements

Altmetric

Partager

  • More