L'expression génétique biaisée par le sexe est considérée comme une cause sous-jacente des caractères sexuellement dimorphiques. Bien que la nature et le degré d'expression sexuée aient été bien documentés dans plusieurs systèmes animaux et végétaux, on en sait beaucoup moins sur l'évolution des gènes sexués dans des groupes eucaryotes plus éloignés. Ici, nous étudions l'expression des gènes sexués chez deux espèces d'algues brunes dioïques, Fucus serratus et Fucus vesiculosus, où l'hétérogamie mâle (XX/XY) est apparue récemment. Nous constatons que, contrairement aux lignées végétales et animales éloignées sur le plan de l'évolution, les gènes à orientation masculine ne connaissent pas de taux de renouvellement élevés, mais révèlent au contraire une conservation remarquable de l'orientation et des niveaux d'expression entre les deux espèces, ce qui suggère leur importance dans la différenciation sexuelle. Les gènes présentant un biais mâle constant étaient enrichis dans des fonctions liées à la production de gamètes, ainsi qu'à la compétition des spermatozoïdes, et comprennent trois protéines flagellaires soumises à une sélection positive. Nous présentons l'un des premiers rapports, en dehors du royaume animal, montrant que les gènes à biais masculin présentent des taux accélérés d'évolution de la séquence codante par rapport aux gènes à biais féminin ou sans biais. Nos résultats impliquent que les forces évolutives affectent les gènes mâles et femelles biaisés par le sexe différemment sur les niveaux structurels et réglementaires, ce qui entraîne des propriétés uniques de transcrits exprimés de manière différentielle pendant le développement reproductif chez les algues Fucus.