Risk prediction of late-onset Alzheimer’s disease implies an oligogenic architecture
Qian Zhang
(1)
,
Julia Sidorenko
(1)
,
Baptiste Couvy-Duchesne
(2, 1)
,
Riccardo E Marioni
,
Margaret J Wright
,
Alison M Goate
,
Edoardo Marcora
,
Kuan-Lin Huang
,
Tenielle Porter
,
Simon M Laws
,
Colin L Masters
,
Ashley I Bush
,
Christopher Fowler
,
David Darby
,
Kelly Pertile
,
Carolina Restrepo
,
Blaine Roberts
,
Jo Robertson
,
Rebecca Rumble
,
Tim Ryan
,
Steven Collins
,
Christine Thai
,
Brett Trounson
,
Kate Lennon
,
Qiao-Xin Li
,
Fernanda Yevenes Ugarte
,
Irene Volitakis
,
Michael Vovos
,
Rob Williams
,
Jenalle Baker
,
Alyce Russell
,
Madeline Peretti
,
Lidija Milicic
,
Lucy Lim
,
Mark Rodrigues
,
Kevin Taddei
,
Tania Taddei
,
Eugene Hone
,
Florence Lim
,
Shane Fernandez
,
Stephanie Rainey-Smith
,
Steve Pedrini
,
Ralph Martins
,
James Doecke
,
Pierrick Bourgeat
,
Jurgen Fripp
,
Simon Gibson
,
Hugo Leroux
,
David Hanson
,
Vincent Dore
,
Ping Zhang
,
Samantha Burnham
,
Christopher C Rowe
,
Victor L Villemagne
,
Paul Yates
,
Sveltana Bozin Pejoska
,
Gareth Jones
,
David Ames
,
Elizabeth Cyarto
,
Nicola Lautenschlager
,
Kevin Barnham
,
Lesley Cheng
,
Andy Hill
,
Neil Killeen
,
Paul Maruff
,
Brendan Silbert
,
Belinda Brown
,
Harmid Sohrabi
,
Greg Savage
,
Michael Vacher
,
Perminder S Sachdev
,
Karen A Mather
,
Nicola J Armstrong
,
Anbupalam Thalamuthu
,
Henry Brodaty
,
Loic Yengo
(1)
,
Jian Yang
(1)
,
Naomi R Wray
(1)
,
Allan F Mcrae
(1)
,
Peter M Visscher
(1)
Julia Sidorenko
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1367554
- ORCID : 0000-0003-1494-6772
Baptiste Couvy-Duchesne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 739328
- IdHAL : baptiste-couvy-duchesne
- ORCID : 0000-0002-0719-9302
Riccardo E Marioni
- Fonction : Auteur
Margaret J Wright
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1188332
- ORCID : 0000-0001-7133-4970
Alison M Goate
- Fonction : Auteur
- PersonId : 761457
- ORCID : 0000-0002-0576-2472
- IdRef : 186309759
Edoardo Marcora
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1367555
- ORCID : 0000-0002-3829-4927
Kuan-Lin Huang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1367556
- ORCID : 0000-0002-5537-5817
Tenielle Porter
- Fonction : Auteur
Simon M Laws
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1305603
- ORCID : 0000-0002-4355-7082
Colin L Masters
- Fonction : Auteur
Ashley I Bush
- Fonction : Auteur
Christopher Fowler
- Fonction : Auteur
David Darby
- Fonction : Auteur
Kelly Pertile
- Fonction : Auteur
Carolina Restrepo
- Fonction : Auteur
Blaine Roberts
- Fonction : Auteur
Jo Robertson
- Fonction : Auteur
Rebecca Rumble
- Fonction : Auteur
Tim Ryan
- Fonction : Auteur
Steven Collins
- Fonction : Auteur
Christine Thai
- Fonction : Auteur
Brett Trounson
- Fonction : Auteur
Kate Lennon
- Fonction : Auteur
Qiao-Xin Li
- Fonction : Auteur
Fernanda Yevenes Ugarte
- Fonction : Auteur
Irene Volitakis
- Fonction : Auteur
Michael Vovos
- Fonction : Auteur
Rob Williams
- Fonction : Auteur
Jenalle Baker
- Fonction : Auteur
Alyce Russell
- Fonction : Auteur
Madeline Peretti
- Fonction : Auteur
Lidija Milicic
- Fonction : Auteur
Lucy Lim
- Fonction : Auteur
Mark Rodrigues
- Fonction : Auteur
Kevin Taddei
- Fonction : Auteur
Tania Taddei
- Fonction : Auteur
Eugene Hone
- Fonction : Auteur
Florence Lim
- Fonction : Auteur
Shane Fernandez
- Fonction : Auteur
Stephanie Rainey-Smith
- Fonction : Auteur
Steve Pedrini
- Fonction : Auteur
Ralph Martins
- Fonction : Auteur
James Doecke
- Fonction : Auteur
Pierrick Bourgeat
- Fonction : Auteur
Jurgen Fripp
- Fonction : Auteur
Simon Gibson
- Fonction : Auteur
Hugo Leroux
- Fonction : Auteur
David Hanson
- Fonction : Auteur
Vincent Dore
- Fonction : Auteur
Ping Zhang
- Fonction : Auteur
Samantha Burnham
- Fonction : Auteur
Christopher C Rowe
- Fonction : Auteur
Victor L Villemagne
- Fonction : Auteur
Paul Yates
- Fonction : Auteur
Sveltana Bozin Pejoska
- Fonction : Auteur
Gareth Jones
- Fonction : Auteur
David Ames
- Fonction : Auteur
Elizabeth Cyarto
- Fonction : Auteur
Nicola Lautenschlager
- Fonction : Auteur
Kevin Barnham
- Fonction : Auteur
Lesley Cheng
- Fonction : Auteur
Andy Hill
- Fonction : Auteur
Neil Killeen
- Fonction : Auteur
Paul Maruff
- Fonction : Auteur
Brendan Silbert
- Fonction : Auteur
Belinda Brown
- Fonction : Auteur
Harmid Sohrabi
- Fonction : Auteur
Greg Savage
- Fonction : Auteur
Michael Vacher
- Fonction : Auteur
Perminder S Sachdev
- Fonction : Auteur
- PersonId : 778032
- ORCID : 0000-0002-9595-3220
- IdRef : 076727041
Karen A Mather
- Fonction : Auteur
Nicola J Armstrong
- Fonction : Auteur
Anbupalam Thalamuthu
- Fonction : Auteur
Henry Brodaty
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1305601
- ORCID : 0000-0001-9487-6617
Jian Yang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215658
- ORCID : 0000-0003-2001-2474
Naomi R Wray
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1215628
- ORCID : 0000-0001-7421-3357
Résumé
Abstract Genetic association studies have identified 44 common genome-wide significant risk loci for late-onset Alzheimer’s disease (LOAD). However, LOAD genetic architecture and prediction are unclear. Here we estimate the optimal P -threshold ( P optimal ) of a genetic risk score (GRS) for prediction of LOAD in three independent datasets comprising 676 cases and 35,675 family history proxy cases. We show that the discriminative ability of GRS in LOAD prediction is maximised when selecting a small number of SNPs. Both simulation results and direct estimation indicate that the number of causal common SNPs for LOAD may be less than 100, suggesting LOAD is more oligogenic than polygenic. The best GRS explains approximately 75% of SNP-heritability, and individuals in the top decile of GRS have ten-fold increased odds when compared to those in the bottom decile. In addition, 14 variants are identified that contribute to both LOAD risk and age at onset of LOAD.
Domaines
Médecine humaine et pathologieOrigine | Publication financée par une institution |
---|---|
Licence |